美吉生物结题报告

样本信息表

注：展示本项目的样本基本信息，包括Sample initial/analysis name（样本初始/现用名称）、Group name（组名）以及Sample description（样品描述）。“样本描述”和“样本现用名称”可通过【在线编辑】进行再次编辑，修改后，页面展示修改后的样本名。

test

注：（1）集合名称；（2）该集合中代谢物数目；（3）集合类型：① 差异代谢-通过两组比较、两样本比较筛选的差异代谢集合；② 自建代谢集-通过勾选代谢物创建出的关注代谢集；③ 代谢集：有3个分别是 Set_Origin、Set_Raw和DiffSet_mix。（Set_Origin和Set_Raw通过工作流默认将Origin数据表、Raw数据表中有名称的代谢物创建的集合；DiffSet_mix工作流默认创建的所有差异代谢集的并集）；（4）分析记录：代谢集合是在哪个分析中获得的；（5）对比组：是哪个对比组；（6）筛选条件：如果是差异代谢集：是由哪些筛选条件创建的。

样本相关性数据表

注：第一行和第一列为样本名，表中数值为每两个样本间的相关性系数或相关性P值，相关性系数的绝对值越大表示两个样本的相关性越强；相关性P值越小，表示两个样本的相关性越显著。

PCA模型参数表

注：R2X表示模型对X变量差异的解释性，R2X(cum)表示累积的差异解释性，数值越接近1说明模型越好，越低说明模型的拟合准确性越差。p1和p2分别表示第一和第二主成分贡献值。

样本PLS-DA模型参数

注：R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率，R2X（cum）和R2Y（cum）表示累积解释率；Q2表示模型的预测能力，这3个指标越接近于1时表示模型越稳定可靠，Q2 > 0.5表示模型的预测能力较好，Q2 < 0.5表示模型的预测能力较差。p1，p2分别表示第一，第二主成分。

KEGG化合物分类统计表

注: （1）First Category：KEGG化合物注释的一级分类；（2）Second Category：KEGG化合物注释的二级分类；（3）number：注释到此二级分类的代谢物数目【点击数字可以弹出代谢物详情表查看代谢物的基本信息】。

KEGG通路统计表

注: （1）First Category：代谢通路的一级分类；（2）Second Category：代谢通路的二级分类；（3）number：Number：注释到该二级通路上代谢物的数量【点击数字可以弹出代谢物详情表查看代谢物的基本信息】。

KEGG重要通路统计表

注: （1）Pathway：通路名称；（2）Pathway ID：通路ID号；（3）First Category：代谢通路的一级分类；（4）Second Category：代谢通路的二级分类；（5）number：Number：该通路上代谢物的数量【点击数字可以弹出代谢物详情表查看代谢物的基本信息】。

HMDB化合物分类统计表

注：展示注释到的所选HMDB层级（Superclass、Class或Subclass）的名称和代谢物数量【点击数字可以弹出代谢物详情表查看代谢物的基本信息】。

代谢物注释信息-化合物分类分布统计表

注：第一列为HMDB分类，根据选择分类类型展示Superclass、Class或Subclass，第二列之后为各个分组在不同分类下代谢物数量/表达量总和的多少，可以勾选数字查看代谢物或创建代谢集。

HMDB化合物分类统计表

注：展示注释到的所选HMDB层级（Superclass、Class或Subclass）的名称和代谢物数量【点击数字可以弹出代谢物详情表查看代谢物的基本信息】。

代谢物注释信息总览表

注：（1）ID：质谱搜库鉴定得到的数据矩阵中，根据不同离子模式，随机给每个离子峰的编号；（2）Metabolite: 鉴定到的代谢物名称，其中metab_[0,9]表示没有定性到的离子峰；（3）代谢物：鉴定到的代谢物中文名称，此中文翻译仅供参考，请结合实际情况进行判断；（4）Metab ID：云平台分析中，随机给每个离子峰的编号，用于创建代谢集等运算；（5）level：代谢物鉴定等级B(i)：基于MS/MS二级谱库的精确匹配（自建库），这是代谢最高的鉴定准确度；B(ii) 基于计算机模拟的MS/MS二级谱库精确匹配（公开库，理论库）（LC项目特有）；（6）KEGG Pathway ID：通路ID号；（7）KEGG Pathway Description：通路名称；（8）通路：通路中文翻译；（9）Library ID：代谢物在相应搜库数据库的登录号；（10）Adducts：加合离子模式，指在质谱电离过程中，目标分析物分子（M）与其它离子或分子结合形成一个带电的复合离子；（11）Formula：代谢物的化学式；（12）Retention time：指带电离子在色谱中的保留时间；（13）KEGG Compound ID：KEGG数据库登录号；（14）Mode：离子模式，pos正离子，neg负离子模式；（15）KEGG Compound First Category：该代谢物在KEGG Compound数据库中的分类一级信息；（16）KEGG Compound Second Category：该代谢物在KEGG Compound数据库中的分类二级信息；（17）KEGG Pathway First Category：该通路KEGG Pathway数据中通路一级信息；（18）KEGG Pathway Second Category：该通路KEGG Pathway数据中通路二级信息；（19）HMDB Superclass：该代谢物在HMDB数据库中一级分类信息；（20）HMDB Subclass：该代谢物在HMDB数据库中二级分类信息；（21）HMDB Class：该代谢物在HMDB数据库中三级分类信息；（22）M/Z：质荷比，指带电离子的质量与所带电荷之比值；（23）Fragmentation Score：标品自建库、Metlin、LipidBlast等谱图数据库搜库得分（LC项目）；（24）Theoretical fragmentation Score：HMDB等理论数据库搜库得分（LC项目）；（25）Mass error：质量偏差（ppm）；（26）CAS ID：化学物质登录号；（27）RSD：QC样本相对标准偏差。（28）Quant Mass：定量离子（GC项目）；（29）RI：实验测定的保留指数（GC和顶空项目）；（30）Library RI：为数据库查询的保留指数（GC和顶空项目）；（31）RI Score：保留指数的打分值，得分值越高，物质鉴定就越准确（GC项目）；（32）Odour：气味属性信息（顶空项目特有）；（33）Odour class：依据气味数据库对物质结构进行分类（顶空项目特有）；（34）CCS：碰撞截面积（离子淌度参数）（4D代谢特有）；（35）Delta_CCS [%]：碰撞截面积相对偏差百分比（4D代谢特有）；（36）mSigma：同位素相似性偏差值（4D代谢特有）；（36）Annotations：注释的数据库来源（4D代谢特有）；（37）AQ：五维Annotation Quality（定性因子）的定性情况：每个维度用0，1，2 来表示；0表示没有使用这个因子，1和2表示满足因子的情况（4D代谢特有）；（38）AQ Details：最终采用的定性因子（4D代谢特有）;（39）Annotation Source：最终定性的数据库来源（4D代谢特有）。

明星通路代谢物注释详情表

注: （1）metabolite: 代谢数据库中名称；（2）代谢物：代谢物中文名称，此中文翻译仅供参考，请结合实际情况进行判断；；（3）Metab ID：云平台分析中，随机给每个离子峰的编号，用于创建代谢集等运算；；（4）level：代谢物鉴定等级B(i)：基于MS/MS二级谱库的精确匹配（自建库），这是代谢最高的鉴定准确度；B(ii) 基于计算机模拟的MS/MS二级谱库精确匹配（公开库，理论库）；（5）KEGG Compound ID：KEGG数据库化合物登录号；（6）KEGG Pathway ID：通路ID号；（7）KEGG Pathway Description：通路名称；（8）通路：通路中文翻译；（9）KEGG Pathway First Category：该通路KEGG Pathway数据中通路一级信息；（10）KEGG Pathway Second Category：该通路KEGG Pathway数据中通路二级信息；（11）明星通路：所属的明星通路，多个以分号分隔。

明星通路注释详情表

注: （1）Pathway ID：通路ID号，点击红色图标可跳转查看在线通路；（2） Pathway Description：通路名称；（3）通路描述：通路中文翻译；（4）明星通路：所属的明星通路；（5）KEGG Pathway First Category：该通路KEGG Pathway数据中通路一级信息；（6）KEGG Pathway Second Category：该通路KEGG Pathway数据中通路二级信息；metabolite: 代谢数据库中名称；（7）Number：通路上注释的代谢物个数，点击ketchup代谢物详情表。

组间差异详情表

注：（1）ID：质谱搜库鉴定得到的数据矩阵中，根据不同离子模式，随机给每个离子峰的编号；（2）Metabolite: 鉴定到的代谢物名称，其中metab_[0,9]表示没有定性到的离子峰；（3）Metab ID：云平台分析中，随机给每个离子峰的编号，用于创建代谢集等运算；（4）graph：代谢物丰度在两组间的分布展示[柱状图，箱线图，小提琴图]；（5）VIP_pred_OPLS-DA：该代谢物在两组间OPLS-DA模型中的VIP值（6）VIP_PLS-DA：该代谢物在两组间的PLSDA模型VIP值；（7）FC(Y/X)：该代谢物在两组间的差异表达倍数（fold change）。X：该代谢物在对照组X中的表达量，Y：该代谢物在实验组Y中的表达量，X为对照；（8）P-value：该代谢物在两样本间的差异显著性检验结果；默认筛选标准VIP_pred_OPLS-DA > 1，P-value < 0.05；（9）FDR：校正后的P值；（10）KEGG Compound ID：KEGG数据库登录号；（11）Library ID：代谢物在相应搜库数据库的登录号；（12）M/Z：质荷比，指带电离子的质量与所带电荷之比值；（13）Mode：离子检测模式，包括正离子和负离子模式；（14）Adducts：加合离子模式，指代谢物与细胞大分子之间通过共价键形成的稳定结构；（15）Formula：代谢物的化学式；（16）Retention time：指带电离子在色谱中的保留时间；其它列为依次为该代谢物在KEGG Compound数据库中的分类层级细信息和KEGG Pathway数据中通路层级信息，HMDB中的分类信息，以及代谢物在各样本中的丰度信息。

差异火山图

注：横坐标为代谢物在两组间表达差异的倍数变化值，即log2FC，纵坐标为代谢物表达量变化差异的统计学检验值，即-log10(p_value)值，值越高则表达差异越显著，横纵坐标的数值都做了对数化处理。图中每个点代表一个特定的代谢物，点的大小表示Vip值。默认红色点表示显著上调的代谢物，蓝色点表示显著下调的代谢物，灰色点为非显著差异代谢物。对应数据见差异详情表。将所有代谢物映射上去之后，可以获知，在左边的点为表达差异下调的代谢物，右边的点为表达差异上调的代谢物，越靠左右两边和上边的点表达差异越显著。

差异火山图

注：横坐标为代谢物在两组间表达差异的倍数变化值，即log2FC，纵坐标为代谢物表达量变化差异的统计学检验值，即-log10(p_value)值，值越高则表达差异越显著，横纵坐标的数值都做了对数化处理。图中每个点代表一个特定的代谢物，点的大小表示Vip值。默认红色点表示显著上调的代谢物，蓝色点表示显著下调的代谢物，灰色点为非显著差异代谢物。对应数据见差异详情表。将所有代谢物映射上去之后，可以获知，在左边的点为表达差异下调的代谢物，右边的点为表达差异上调的代谢物，越靠左右两边和上边的点表达差异越显著。

PCA得分图

注：PCA得分图。样本通过降维分析后，在主成分p1，p2上有相对坐标点，各个坐标点的距离代表了样本间聚集和离散程度，距离越近表明样本间相似性越高，距离越远表明样本间差异性越大。通过PCA分析可以观察实验模型中的组间分离趋势，以及是否有异常点出现，同时从原始数据上反映组间和组内的变异度。置信椭圆表示本组“真实”样本在95% 的置信度下，分布在此区域内;超过此区域可认为是可能异常样本。

PCA模型参数图

注：R2X表示模型对X变量差异的解释性，R2X(cum)表示累积的差异解释性，数值越接近1说明模型越好，越低说明模型的拟合准确性越差。p1和p2分别表示第一和第二主成分贡献值。

PLS-DA模型参数图

注：R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率，R2X（cum）和R2Y（cum）表示累积解释率；Q2表示模型的预测能力，这3个指标越接近于1时表示模型越稳定可靠，Q2 > 0.5表示模型的预测能力较好，Q2 < 0.5表示模型的预测能力较差。p1，p2分别表示第一，第二主成分。

OPLS-DA模型参数图

注：R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率，R2X（cum）和R2Y（cum）表示累积解释率；Q2标示模型的预测能力，这3个指标越接近于1时表示模型越稳定可靠，Q2 > 0.5表示模型的预测能力较好，Q2 < 0.5表示模型的预测能力较差。p1表示主成分；o1, o2分别表示第一，第二正交成分。

聚类热图数据表

注: 第一列为质谱搜库鉴定得到的数据矩阵中，根据不同离子模式，随机给每个离子峰的编号，第二列为代谢物名称，其它列为代谢物在各样本中的表达量（经过数据预处理和Scale变换）。

子聚类分析表

注：Subcluster：Subcluster子聚类名称；Num：为该子聚类下代谢物的个数。

子聚类分析表

注：Subcluster：Subcluster子聚类名称；Num：为该子聚类下代谢物的个数。

vip 分析图

注：左侧为代谢物聚类树状图，分支越近，说明样本内所有代谢物的表达模式越接近；每列表示一个样本，下方为样本名称；每行表示一个代谢物，颜色表示该代谢物在该组样本中相对表达量的大小，颜色梯度与数值大小的对应关系见梯度色块。右侧为代谢物VIP条形图，条形长度表示该代谢物对两组差异的贡献值，默认不小于1，值越大表示该代谢物在两组间差异越大。条形颜色表示代谢物在两组样本中差异显著性，即P_value值，P_value越小，-log10(P-value) 越大，颜色越深。右侧*代表P<0.05，**代表P<0.01，***代表P<0.001

vip 层级聚类

注: ID：质谱搜库鉴定得到的数据矩阵中，根据不同离子模式，随机给每个离子峰的编号；metabolite :代谢集中的代谢物； VIP_value表示该代谢物对两组差异的贡献值，VIP值来源取决于参数设置时选择的模型，默认VIP_OPLS-DA不小于1，值越大表示该代谢物在两组间差异越大；P_value表示该代谢物在两组样本间的差异显著性；其它列表示该代谢物在不同样本中的相对表达量（通过scale和log转化）。

相关性数据表

注：代谢物间的相关性系数r，[-1,1],相关性系数大于零表示正相关，小于零表示负相关，相关性系数的绝对值|r|越大表示相关性越强。一般情况下，|r|≥0.7时，可认为两变量间强相关；0.4≤|r|<0.7，可认为两变量中度相关；0.2≤|r|<0.4，可认为两变量弱相关；|r|<0.2，可认为两变量极弱相关或不相关。P-value：统计学上用P-value评价代谢物间相关性的显著程度。P-value<0.05 ，表示显著相关，P-value <0.001,表示极显著相关。

KEGG化合物分类统计表

注: First Category：代谢物的KEGG Brite一级分类；Second Category：代谢物的KEGG Brite二级分类；number：注释到此二级分类的相应代谢物集中代谢物数目。

KEGG注释统计表

注: First Category：代谢通路的一级分类；Second Category：代谢通路的二级分类；number：注释到此二级分类的相应代谢物集中代谢物数目。

KEGG通路差异丰度得分图

注：图中横坐标表示差异丰度得分（DA Score），纵坐标表示KEGG代谢通路名字。DA Score反映代谢通路所有代谢物的整体变化，得分1表示该通路中所有注释到的差异代谢物表达趋势上调，-1表示该通路中所有注释到的差异代谢物表达趋势下调，线段的长度表示DA Score的绝对值。圆点的大小表示该通路中注释到的差异代谢物数量，圆点越大表示该通路中差异代谢物数量越多。圆点分布在中轴右侧且线段越长，表示该通路整体表达情况越倾向于上调；圆点分布在中轴左侧且线段越长，表示该通路整体表达情况越倾向于下调。

KEGG富集统计表

注: （1）Number：富集到该通路的代谢物数目；（2）First Category：代谢通路的一级分类；（3）Second Category：代谢通路的二级分类；（4）Pathway Description：KEGG pathway名称描述；（5）通路描述：每条KEGG通路的中文名称；（6）Pathway ID：KEGG pathway ID；（7）Database：数据库来源(Pathway或Disease)，KEGG数据库中包含两个子库，一个是KEGG PATHWAY，另一个是KEGG DISEASE，KEGG数据库中某些disease通路没有ID号，用“none”表示；（8）DA Score：代谢通路的差异丰度得分；（9）Ratio_in_study：目标代谢物中注释到本通路的代谢物在目标代谢物（本代谢物集中代谢物能注释到KEGG通路的总代谢物数目）中占有的比例，斜线左边为本代谢集注释到本通路的KEGG Compound ID数目，斜线右边为本代谢物集注释到所有通路的KEGG compound ID数目；（10）Ratio_in_pop：背景代谢物中注释到本通路的代谢物在背景代谢物中占有的比例，斜线左边为背景代谢集注释到本通路KEGG compound ID 的数目，竖线右边为背景代谢集注释到所有通路的KEGG compound ID数目；（11）P_value_uncorrected：未经校正的p值，p值代表富集出来的结果是否具有统计学上的显著意义，p值越小，在统计学上就越有显著意义，一般p值小于0.05认为该功能为显著富集项；（12）P_vaule_corrected：校正后的p值。

KEGG拓扑统计表

注：（1）Num：富集到该通路的代谢物数目；（2）First Category：代谢通路一级分类；（3）Second Category：代谢通路二级分类；（4）Pathway ID：KEGG pathway ID；（5）Match_status：表示代谢物参与通路的情况，竖线左的数据表示当前代谢集中参与本通路的个数；竖线右的数为当前通路中代谢物的总数；（6）Pathway Description：通路名称；（7）通路描述：通路中文名称；（8）Impact_value：通路综合重要性得分，总分为1；根据代谢物在通路中的相对位置计算得到；（9）P_value：代谢物参与通路的富集显著性；（10）P_adjust：矫正后的P值。

代谢集分析-KEGG通路富集分析网络结果表

注：（1）Pathway_ID：通路的ID号；（2）Pathway Description：通路名称；（3）Num：富集到这个通路的代谢物个数；（4）P_value：代谢物参与通路的富集显著性。

富集热图子聚类趋势表

注：（1）Pathway ID：KEGG pathway ID；（2）Pathway_Description：KEGG通路描述；（3）Database：数据库来源(Pathway或Disease)，KEGG数据库中包含两个子库，一个是KEGG PATHWAY，另一个是KEGG DISEASE，KEGG数据库中某些disease通路没有ID号，用“none”表示；其它列为比较组富集到该通路的代谢物个数和显著性P_value。

多代谢集富集可视化

多代谢集富集可视化

HMDB化合物分类统计表

注：展示注释到的所选HMDB层级（Superclass、Class或Subclass）的名称和代谢物数量。

化合物分类分布统计表

注：第一列为HMDB分类，根据选择分类类型展示Superclass、Class或Subclass，第二列之后为各个分组在不同分类下代谢物数量/表达量总和的多少，可以勾选数字查看代谢物或创建代谢集。

HMDB化合物分类统计表

注：展示注释到的所选HMDB层级（Superclass、Class或Subclass）的名称和代谢物数量。

HMDB化合物分类层级表

注：展示注释到HMDB的代谢物以及每个HMDB层级（Superclass、Class和Subclass）的名称。