VIP专享

引物设计

引物,是一小段单链DNA,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。该小工具利用PrimerPremier软件对目的基因序列进行引物设计。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://cloud.majorbio.com/page/tools/)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
  • 帮助文档
  • FAQ

工具概述

利用PrimerPremier软件对目的基因序列进行引物设计。

操作方法

输入:

基因序列:组成DNA的四种核苷酸序列,只能输入分别代表组成DNA的四种核苷酸的字母:A,C,G和T;每次只能上传一条序列,文件格式为txt且上传文件不能包含序列名。

参数:

1.引物长度:长度一般为15-30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性。

2.Tm 值:退火温度,Tm值的计算有多种方法,引物长度小于20时,其Tm恒等于4×(G十C)十2×(A十T)。

3.GC含量:30%-70%,最好45%-55%。

4.扩增产物大小:扩增长度大一些比较好,500bp左右。

结果解读


引物设计结果.png

注:对结果的注释内容包含在结果文件的最下方。


Q1:文件如何上传?

工具数据可上传至我的数据工具数据→personal文件夹。 e8028fc0f3b21d6ac64ceca3150d7afc.png

点击右上方上传文件即可上传本地文件至平台,personal文件夹下也可新建文件夹

c7dfed40f9269647901338b514c096d3.png



Q2:上传的文件如何删除?

勾选文件/文件夹,点击右上方的文件操作,选择删除文件,文件也可移动或复制。

02dcbab5a49dd19a76a89c4a48c1898a.png



Q3:运行工具时选择好上传的文件后,无法进入下一步?

由于显示器分辨率的不同,弹出框展示可能不全,正常展示如下图所示,选择文件后,弹出框右下角为【确定】按钮,您可以按住ctrl键向下滑动鼠标缩小页面至窗口显示完全。49ecd5ebb5f52889a095f4a062816149.png



Q4:云工具的运行结果怎么查找?

我的分析→工具总览可查看所有运行的工具任务。点击【结果】查看分析结果报告,点击【下载文件】可下载结果文件至本地保存。

37851e291fb2d1443e04fa1a9d3f3180.png

0在线咨询