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基因ID转换

实现NCBI,Ensembl, Uniprot,基因名之间的互转,同时,工具提供了更多的基因注释信息。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://www.majorbio.com/tools)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

基因ID转换为用户提供模式物种在不同数据库(NCBI、Ensembl、Uniprot、UCSC等)ID间互转的工具,帮助用户快速了解基因在其它数据库中的注释信息。

操作方法

1.设置任务名,便于您查询后续的文件结果。

2.选择待进行转换的基因所属的物种,本工具支持下述常见的模式物种的基因ID转换:人、酵母、拟南芥、大鼠、小鼠、斑马鱼、果蝇、秀丽线虫。

3.待转换类型,为您输入的基因信息的类型,NCBI Entrez Gene ID,Ensemble Gene ID,Gene Symbol,Uniprot Accession。如果您确定您要转换的基因信息的类型,为上述类型之一,建议选择相应类型,快速获得转换结果。如果您不确定待转换信息的类型,建议您选择Mix。

4.上传待转换列表,txt文本文件,每行一个基因名或基因ID

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5.选择转换目标,您希望通过转换获得的基因信息。

Q1:文件如何上传和删除?

①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。

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②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。

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Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?

投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。

图片4.pngQ3:云工具任务如何删除?

运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。

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