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基因ID转换

实现NCBI,Ensembl, Uniprot,基因名之间的互转,同时,工具提供了更多的基因注释信息。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://cloud.majorbio.com/page/tools/)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

基因ID转换为用户提供模式物种在不同数据库(NCBI、Ensembl、Uniprot、UCSC等)ID间互转的工具,帮助用户快速了解基因在其它数据库中的注释信息。

操作方法

1.设置任务名,便于您查询后续的文件结果。

2.选择待进行转换的基因所属的物种,本工具支持下述常见的模式物种的基因ID转换:人、酵母、拟南芥、大鼠、小鼠、斑马鱼、果蝇、秀丽线虫。

3.待转换类型,为您输入的基因信息的类型,NCBI Entrez Gene ID,Ensemble Gene ID,Gene Symbol,Uniprot Accession。如果您确定您要转换的基因信息的类型,为上述类型之一,建议选择相应类型,快速获得转换结果。如果您确定待转换信息的类型,建议您选择Mix。

4.上传待转换列表,txt文本文件,每行一个基因名或基因ID

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5.选择转换目标,您希望通过转换获得的基因信息。


Q1:文件如何上传?

工具数据可上传至我的数据工具数据→personal文件夹。 e8028fc0f3b21d6ac64ceca3150d7afc.png

点击右上方上传文件即可上传本地文件至平台,personal文件夹下也可新建文件夹

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Q2:上传的文件如何删除?

勾选文件/文件夹,点击右上方的文件操作,选择删除文件,文件也可移动或复制。

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Q3:运行工具时选择好上传的文件后,无法进入下一步?

由于显示器分辨率的不同,弹出框展示可能不全,正常展示如下图所示,选择文件后,弹出框右下角为【确定】按钮,您可以按住ctrl键向下滑动鼠标缩小页面至窗口显示完全。49ecd5ebb5f52889a095f4a062816149.png



Q4:云工具的运行结果怎么查找?

我的分析→工具总览可查看所有运行的工具任务。点击【结果】查看分析结果报告,点击【下载文件】可下载结果文件至本地保存。

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