细菌菌种鉴定

工具概述

基于基因组序列文件、GFF基因组注释文件（可选），与参考数据库进行比对获得物种信息。

操作方法

1. 根据需要分析的样本数选择文件类型，分析多个样本，文件类型选择多个基因组，文件以文件夹形式上传。

2. 输入基因组序列文件：fasta的基因组文件，格式如下：

fasta格式首先以大于号“>”开头，接着是序列的名称“sequence1”。换行后是序列信息，序列中不允许有空格和空行。

3. 输入基因组注释文件（选填）：GFF格式。格式如下：

gff是文本文件，由9列组成，每列数据之间务必用制表符（tab符）隔开，不能用空格，各列含义可参考http://m.ensembl.org/info/website/upload/gff.html。

注：GFF文件必须严格按照示例文件进行整理，否则容易运行报错。

4. 选择参考数据库：可以选择公共数据库GTDB，也可以指定物种（直接输入NCBI登录号，数量范围为5~20）作为参考。

结果解读

样本信息表

给出输入样本及自定义参考基因组（若选择）的基因信息，包括16S和看家基因的个数。若16S序列个数为0或参考基因组文件下载失败，则该基因组不进行后续分析。

注：（1）Sample Name：样本名称；（2）16S序列：输入样本中预测的16S rRNA个数；（3）看家基因：输入样本中预测的看家基因个数。

物种分类结果表

根据数据库的比对结果获得输入样本的物种信息。

注：1）Sample Name：样本名称；（2）Most Similar taxonomy（GTDB）：与数据库相似度最高的的物种信息，若无最相似物种，则为新物种。

比对结果详情表

输入样本与参考基因组的比对详情，包括16S比对相似度，ANI值以及参考基因组GTDB物种信息及对应的NCBI物种信息。

注：（1）Sample Name：样本名称；（2）Reference ID：参考基因组ID，可链接到NCBI。（3）16SrRNA gene sequence similarity(%)：16S比对相似度，值越高，物种越相似；（4）ANI(%)：样本间的核苷酸相似性，一般同物种间的ANI/AAI值在95％以上；（5）GTDB taxonomy：GTDB数据库中参考基因组的物种信息；（6）NCBI Taxonomy：参考基因组NCBI的物种信息。

系统进化树

通过16S和看家基因进化树判断样本的进化地位。

注：基于16S rRNA序列选择在种属水平上最接近的菌（≤20株），通过MEGA软件选择NJ（Neighbor-Joining）法构建系统进化树。

注：基于31个看家基因（dnaG, frr, infC, nusA, pgk, pyrG, rplA, rplB,rplC, rplD, rplE, rplF, rplK, rplL, rplM, rplN, rplP, rplS, rplT, rpmA, rpoB, rpsB, rpsC,rpsE, rpsI, rpsJ, rpsK, rpsM, rpsS, smpB, tsf）选择在种属水平上最接近的19株菌，通过MEGA软件选择NJ（Neighbor-Joining）法构建系统进化树。