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序列GC含量统计

对fasta文件中所有序列的GC含量进行分析统计
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://www.majorbio.com/tools)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

GC含量又称为G+C比值或GC比值,序列中鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)所占的比率称为GC含量。GC含量对DNA稳定性、mRNA二级结构和PCRDNA模板的退火温度均有同时,根据每条序列的GC含量可以评估不同序列间的物种进化同源性。

操作方法

1. 根据需要分析的样本数(基因组数)选择文件类型。选择单个基因组时,选择文件为单个fasta序列文件;选择多个基因组时,选择文件为序列文件夹,文件夹包含多条fasta序列文件和list文件。

2.  fasta基因组序列文件首先以“>”开头,接着是序列的名称。换行之后是序列信息,序列中不允许有空格和空行。格式如下:

图片1.png 

3.  list文件为文本格式,表头包含SampleFilename,格式如下:

图片2.png 

结果解读

序列统计表

图片3.png 

注:每个样本中平均序列GC含量统计表,seq count:序列数,GC content (%)GC含量,N ratio (%):序列中N含量,AT/GC ratio:序列ATGC含量比值

序列详情统计表

图片4.png 

注:每个样本每条序列GC含量统计表,scaffold name:序列名称,length(bp):序列长度GC content (%)GC含量,N ratio (%):序列中N含量,AT/GC ratio:序列ATGC含量比值

 

序列GC含量分布图

图片5.png 

注:横坐标代表每个样本中每条序列名称,纵坐标代表GC含量

 


Q1:文件如何上传和删除?

①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。

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②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。

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Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?

投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。

图片4.pngQ3:云工具任务如何删除?

运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。

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