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GFA格式转FASTA序列格式

一款可以快速将GFA格式文件转换为FASTA格式文件的工具
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://cloud.majorbio.com/page/tools/)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

GFA格式(Graphical Fragment Assembly)是目前基因组组装比较认可的格式,该工具可以快速的将GFA格式转化为FASTA序列格式,供后续的分析使用。

操作方法和文件格式

①选择上传单个GFA文件时。需要上传单个基因组的gfa文件,格式如下:

image.png

②选择上传多个GFA文件时。需要上传文件夹,文件夹包含了多个基因组的gfa文件和list文件。list文件为文本格式,表头包含Sample(样本名)和Filename(gfa文件名)两列(使用tab键进行分隔),格式如下:

image.png

③完成上述操作后,点击运行即可。

结果解读

完成该项分析后,直接在结果目录中下载转化成功的FASTA序列文件。


Q1:文件如何上传?

工具数据可上传至我的数据工具数据→personal文件夹。 e8028fc0f3b21d6ac64ceca3150d7afc.png

点击右上方上传文件即可上传本地文件至平台,personal文件夹下也可新建文件夹

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Q2:上传的文件如何删除?

勾选文件/文件夹,点击右上方的文件操作,选择删除文件,文件也可移动或复制。

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Q3:运行工具时选择好上传的文件后,无法进入下一步?

由于显示器分辨率的不同,弹出框展示可能不全,正常展示如下图所示,选择文件后,弹出框右下角为【确定】按钮,您可以按住ctrl键向下滑动鼠标缩小页面至窗口显示完全。49ecd5ebb5f52889a095f4a062816149.png



Q4:云工具的运行结果怎么查找?

我的分析→工具总览可查看所有运行的工具任务。点击【结果】查看分析结果报告,点击【下载文件】可下载结果文件至本地保存。

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