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工具概述
柱形图用于展示各项数据的变化或显示各项之间的比较情况。堆叠柱形图更有利于展示单个项目与整体之间的关系,更直观的呈现出归属于各个类别的每个数值所占总数的百分数比例,每个数值所占的百分数比例越高,柱形的长度越长,反之亦然。
操作方法
1.设置任务名,便于您查询后续的文件结果。
2.选择输入数据表,数据表必须包含行头和列头,首行为样本名,首列为基因/OTU/代谢物/蛋白质/功能/KO等特征。数据表应为txt格式的纯文本文件。
以微生物多样性OTU表为例:
3.输入数据表文件的分隔符支持下述4种类型之一:Tab制表符,英文逗号,英文分号和空格。
4.合并Others合并小于此数值的区域,可将在所有样本中百分数比例低于某一阈值的特征合并为Others。
5.运行后可在结果页面,使用图表插件对图标题内容,字体,字号,配色等进行调整。
结果解读
以物种组成柱形图为例,横坐标代表样本,纵坐标代表相对丰度。直观的反应了多个样本在OTU水平上的群落结构,以便对样本进行横向比较,更容易观察到各样本间不同的群落组成形式。
参考文献
Brown K, Godovannyi A, Ma C, et al. Prolonged antibiotic treatment induces a diabetogenic intestinal microbiome that accelerates diabetes in NOD mice[J]. Isme Journal, 2016, 10(2):321.
Q1:文件如何上传和删除?
①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。
②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。
Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?
投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。
Q3:云工具任务如何删除?
运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。