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代谢物KEGG通路注释

本工具提供代谢物批量比对KEGG数据库,能够获得代谢物通路注释信息。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://cloud.majorbio.com/page/tools/)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

KEGG PATHWAY数据库是一个人工绘制的代谢通路的集合,主要描述分子间相互作用,生理生化反应和基因产物间关系等的信息。根据代谢物比对到KEGG compound ID的信息,可以获知代谢物参与的代谢通路信息,从而评价其对生物新陈代谢过程的影响。

 

操作方法

1. 创建一个任务名称,可以包含字母,数字和下划线;

2. 上传目标代谢物全称的文件,每一行一个,点击运行即可 

结果解读

 

KEGG通路注释总表

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注:表中列出所有查询代谢物信息,未匹配的没有注释信息用横杠“—”表示,分页展示,每页展示10个代谢物1Metabolite:代谢物名称;(2KEGG Compound ID:该代谢物在KEGG数据中的化合物注释号;(3KEGG Pathway ID:该代谢物KEGG数据中的通路注释号;(4KEGG Pathway Description:通路名称;(5First Category:代谢通路的一级分类;(6Second Category:代谢通路的二级分类

 

KEGG通路统计表

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注:(1First Category:代谢通路的一级分类;(2Second Category:代谢通路的二级分类;(3number:注释到此二级分类的代谢物数目。点击数字,可以查看相应代谢物信息。

 

KEGG通路统计图

 

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注:纵坐标为KEGG代谢通路的二级分类,横坐标为注释到该通路下的化合物个数。KEGG代谢通路可分为7大类:代谢(Metabolism),遗传信息处理(Genetic Information Processing),环境信息处理(Environmental Information Processing),细胞过程(Cellular Processes),生物体系统(Organismal Systems),人类疾病(Human Diseases),药物开发(Drug Development)。条形的颜色表示不同代谢途径类别。


Q1:文件如何上传和删除?

①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。

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②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。

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Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?

投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。

图片4.pngQ3:云工具任务如何删除?

运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。

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