- 帮助文档
- FAQ
工具概述
细胞色素P450（Cytochromes P450，简称CYP450）是一大类以亚铁血红素为辅基的蛋白家族。它们能催化许多种底物的氧化反应。因这类蛋白的还原态与CO结合后会在450nm处检测到最大吸收波长，故又命名为P450。它参与内源性物质和包括药物、环境化合物在内的外源性物质的代谢。CYP有多个家族和亚家族，包括CYP1、CYP2、CYP3A4、CYP2D6、CYP2C19等。
操作方法
1. 根据需要分析的样本数选择文件类型，分析单个样本，选择基因组序列文件。多个样本，文件类型选择基因组序列文件夹，文件以文件夹形式上传。
2. 输入基因组序列文件：基因组上基因氨基酸文件文件，文件后缀支持.fa和.faa，具体格式如下：
首先以大于号“>”开头，接着是基因的ID“gene001”，基因在基因组上的起始和终止位置，基因的ORF ID，ORF起始和终止位置。换行后是基因氨基酸序列信息，序列中不允许有空格和空行。
若选择基因组序列文件夹，则需要上传list文件，是为了指定序列所属样本是哪个，为txt文本格式，第一列是样本名，第二列是该样本对应的序列文件名称，表头为Sample和Filename。
结果解读
细胞色素P450注释统计表
注：（1）Sample Name：样本名称；（2）Gene No.：基因数量。
细胞色素P450注释详情表
注：（2）Gene ID：基因编号；（3）Terminator Start：终止子起始位置；（4）Terminator End：终止子终止位置；（5）Strand：基因位于正链或负链；（6）5'-tail：5'端A尾的碱基序列；（7）5'-stem：5'端基序序列；（8）loop：茎环序列；（9）3'-stem：3'端基序序列；（10）3'-tail：3'端T尾的碱基序列；（11）Score：综合“发卡”和“tail”计算的得分值，值越高，结果越可信；（12）Downstream Pos：终止子位于基因下游的位置。
注：（1）Sample Name：样本名称；（2）gene ID：基因编号；（3）HFam ID：同源家族蛋白ID；（4）SFam ID：同源亚家族蛋白ID；（5）PDB：蛋白结构；（6）NR Hit:在NR库中对比结果；（7）super family 同源亚家族；（8）Homologous family：同源亚家族；（10）identity：序列一致性，两个序列间完全相同的部分所占的百分比；（11）coverage ：序列比对覆盖度；（12）Evalue ：对Score值可靠性的评价，值越小，越可信；（13）Score 比对得分，值越高，两个序列的同源性越高。
Q1：文件如何上传和删除？
①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中，上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。
②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。
Q2：运行成功的任务在哪里查看结果？
投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果，点击“结果”可查看页面运行结果，点击“文件”可查看结果文件夹，如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。
Q3：云工具任务如何删除？
运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除，删除的文件会在回收站保存30天，期间可随时复原。
