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Amova分析

一种非参数分析方法,基于对象间距离检验组间差异的显著性
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://cloud.majorbio.com/page/tools/)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

一种非参数分析方法,基于对象间距离检验组间差异的显著性


操作方法

1. 输入任务名。

2. 输入需要进行分析的数据表,文件应为txt格式,数据表必须包含行头和列头样本名称,首列是物种名称。数据与数据之间务必用制表符隔开(tab符),不能用空格。以下表为例:

图片1.png

3.输入分组文件,一共两列,首列为样本名称第二列为分组名称。要求:分组2,组内重复≥3

分组信息.jpg

结果解读

Amova结果.jpg

Vs_group为比较组;SS为总方差,又称离差平方和;df 表示自由度;MS 为均方(差),即SS/dfFs F 检验值;p-value 表示P 值,小于0.05 说明组间差异显著。


Q1:文件如何上传和删除?

①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。

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②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。

图片2.png

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Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?

投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。

图片4.pngQ3:云工具任务如何删除?

运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。

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