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小提琴图2.0

小提琴图 (Violin Plot)是用来展示多组数据的分布状态以及概率密度。这种图表结合了箱形图和密度图的特征,主要用来显示数据的分布形状。跟箱形图类似,但是在密度层面展示更好。在数据量非常大不方便一个一个展示的时候小提琴图特别适用。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://www.majorbio.com/tools)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

用带有表头的txt格式表格数据绘制一个小提琴图,用于显示数据分布及其概率密度。

操作方法

1. 输入任务名。

2. 输入需要进行分析的数据表,文件应为txt格式,数据表必须包含行头和列头。首列为样本名称;首行为基因、物种、功能等特征名称。数据与数据之间务必用制表符隔开(tab符),不能用空格。

(1)一个代谢物/基因/物种做一个小提琴图:比较不同分组中某一个代谢物/物种/基因的丰度。上传数据的示例如下:

image.png

(2)可以一次绘制多张图小提琴图(一个代谢物/物种/基因一张图)。上传数据的示例如下:

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3.分组文件:文件中包括两列信息,第一列为输入文件中列ID,第二列为队列ID的分组,数据与数据之间务必用制表符(tab符)隔开,表头不可进行修改。

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4. 数据处理:根据选择的数据处理方式绘制提琴图:不处理、log2、log10,三种数据处理方式。

结果解读

1.结果表:提供xls格式表格下载,包括中位数、下四分位数、上四分位数、最大值等这些统计数据。

2.提琴图:程序将根据参数设置输出箱型图,并提供不同格式的图片下载。

 image.png

小提琴图一般用于代谢物的丰度表达的可视化,可以展示任意位置的数据密度。图形解读如下:

① 白点代表中位数Q2(即数据中有一半大于中位数,在其之上,另一半小于中位数,在其之下);

② 黑色矩形是下四分位数到上四分位数的范围,矩形上边缘为上四分位数Q3,代表数据中有四分之一的数目大于上四分位数,下边缘为下四分位数Q1,代表数据中有四分之一的数目小于下四分位数,四分位间距IQR(上四分位数和下四分位数间距)长短代表非异常数据的分散和对称程度,长则分散,短则集中;

③ 上下贯穿小提琴图的黑线代表最小非异常值到最大非异常值的区间,线上下端分别代表上限和下限,超出此范围为异常数据 ;

④ 黑盒子外部形状为核密度估计,图形纵轴方向长度代表数据弥散程度,横轴方向长度代表在某纵坐标位置数据分布多少


Q1:文件如何上传和删除?

①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。

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②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。

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Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?

投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。

图片4.pngQ3:云工具任务如何删除?

运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。

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