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丰度气泡图

丰度气泡图,以气泡大小和颜色深浅来反映不同样本/组的物种、功能、基因等特征的数据。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://cloud.majorbio.com/page/tools/)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

丰度气泡图,以气泡大小和颜色深浅来反映不同样本/组的物种、功能、基因等特征的数据

 

操作方法

1. 输入需要进行分析的数据表,文件应为txt格式,数据表必须包含行头和列头。数据表的为样本名,首列为物种、功能、基因等特征名称。数据与数据之间务必用制表符隔开(tab符),不能用空格为保证呈图美观性,建议特征数量控制在50个以内。

以微生物多样性OTU表为例:

图片26.png

2. 是否组内合并:若选择组内有重复,请选择“是”,并输入分组文件。1列为样本名称,第2列为分组信息。

图片27.png

3. 特征分类:若特征含有分类信息,请选择“有”,并输入分类文件。第1列为特征名称,第2列为分类信息。

图片28.png

4. 标准化:默认无,可选择relativelog10Z-score

 

结果解读

丰度气泡图

image.png

注:气泡大小代表特征的丰度。若输入分类文件,气泡颜色按分类信息着色;若不输入分类文件,则按单个特征着色。



Q1:文件如何上传?

工具数据可上传至我的数据工具数据→personal文件夹。 e8028fc0f3b21d6ac64ceca3150d7afc.png

点击右上方上传文件即可上传本地文件至平台,personal文件夹下也可新建文件夹

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Q2:上传的文件如何删除?

勾选文件/文件夹,点击右上方的文件操作,选择删除文件,文件也可移动或复制。

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Q3:运行工具时选择好上传的文件后,无法进入下一步?

由于显示器分辨率的不同,弹出框展示可能不全,正常展示如下图所示,选择文件后,弹出框右下角为【确定】按钮,您可以按住ctrl键向下滑动鼠标缩小页面至窗口显示完全。49ecd5ebb5f52889a095f4a062816149.png



Q4:云工具的运行结果怎么查找?

我的分析→工具总览可查看所有运行的工具任务。点击【结果】查看分析结果报告,点击【下载文件】可下载结果文件至本地保存。

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