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成对fastq转fasta

从双端测序的fastq文件中提取出配对序列,并按顺序保存到一个新的文件中,该结果文件可以作为某些基因组组装软件的输入文件
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://www.majorbio.com/tools)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

从双端测序的fastq文件中提取出配对序列,并按顺序保存到一个新的文件中,该结果文件可以作为某些基因组组装软件的输入文件 

操作方法

输入:

1.R1端FASTQ文件:双端测序的fastq文件

2.R2端FASTQ文件:双端测序的fastq文件,必须与R1端FASTQ文件配套

git分支操作.png

结果解读

输出:

程序将输出转换后的 fa文件,并提供下载

git分支操作.png

Q1:文件如何上传和删除?

①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。

图片1.png

②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。

图片2.png

图片3.png

Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?

投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。

图片4.pngQ3:云工具任务如何删除?

运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。

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