富集分析网络图

工具概述

网络图是生物信息学中常用的显示不同节点之间关联方向与关联程度的可视化方法。在富集分析中，网络图常被用于表示富集路径之间的相互作用关系，发现上下游信号通路，寻找核心通路，或者补充中断的通路，使用户从全局了解网络通路的关系。

应用范围：适用于KEGG和GO富集分析后，用网络图来呈现各个富集路径之间的关系，并且还将富集路径与基因的关系呈现出来，使用户从全局了解富集路径与富集路径、富集路径与基因的关系。

操作方法

①任务名称：对本次小工具运行任务进行命名，方便后续任务查找及分析结果查看。

②输入数据文件：第一列为MapID（即KO号）或者GO ID；第二列为Gene number，该属性用来确定渐变节点大小；第三列为富集P值（Pvalue或者Padjust），该属性用来确定渐变节点颜色。输入的表格文件必须为txt格式，可以选择在excel中将数据打开，然后另存为"文本文件（制表符分隔）（*.txt）"。

③目标ID：该参数为选填项，如果不填写该参数，则按照输入数据文件的所有ID进行分析。可手动输入多个ID进行绘图，中间以英文状态的逗号分割。

④补充连接通路：选择“是/否”。在网络图中显示可以将输入的两个KEGG通路连在一起的通路（这类通路不在输入的通路列表里，而是由KEGG连接通路数据库中补充得出，补充的通路是中间的，使得输入的孤立通路连接形成完整网络）。这类通路颜色默认为灰色，连接线用虚线。

⑤补充所有相连通路：选择“是/否”。在网络图中显示与输入的KEGG通路相邻的所有补充通路（这类通路不在输入的通路列表里，而是由KEGG连接通路数据库中补充得出，补充输入通路的所有相邻通路，使得网络信息更加完整）。这类通路颜色默认为灰色，连接线用虚线。

结果解读

富集分析网络图

（1）图中各节点表示KEGG pathway或者GO term；节点大小表示富集分析后富集到该通路的基因数量；节点的渐变颜色表示KEGG富集分析的P值；

（2）灰色节点表示从KEGG连接数据库中补充的通路，它的作用是为了连接孤立的通路，使KEGG显著富集的通路形成一个完整的网络，使我们从全局解释生物学问题，了解更多相邻通路信息。

（3）图中的实线表示通路之间有连接关系（说明：KEGG通路没有上下游的关系，只能说它们之间存在关系）；虚线表示连接补充的通路与输入通路的连接线，形成一个关系网络。

重要提示

建议输入10个通路左右，否则图形中的节点太多，影响图形美观；可以根据实验设计想要揭示的问题来选择与实验现象相关的通路或者重点关注的显著富集通路。