miRNA靶基因预测（序列）

1.工具概述：

miRNA是生物体内一类重要的特殊调控非编码RNA分子，通过多种途径（包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成等）对基因的表达进行调控，从而在细胞的生长分化和生物个体的发育、代谢及疾病的发生等过程中发挥重要作用。miRNA通过对其靶基因的转录后调控行使功能，miRNA的功能研究其实就是对靶基因的功能研究，一个miRNA可能调控多个靶基因，同一靶基因也可能受到多个不同种类的miRNA调控。在动物和植物中miRNA的产生和调控机制不同：动物miRNA依靠种子序列（5'端2-8 nt）与靶基因的3'非编码区（3' UTR）紧密结合，抑制靶mRNA翻译；植物miRNA整条序列与靶基因的mRNA紧密结合，诱导靶mRNA的降解。因此miRNA的靶基因预测方法在动、植物有所区分：

动物：miRanda、TargetScan、RNAhybrid

植物：psRobot、targetfinder、RNAhybrid

2.操作方法：

①任务名称：对本次小工具运行任务进行命名，方便后续任务查找及分析结果查看。

②miRNA序列文件：必填参数，需要进行靶基因预测的miRNA序列，fa格式。

示例文件：miRNA.fa

③靶RNA序列文件：必填参数，候选靶标RNA序列，fa格式。

示例文件：targetgene.fa

④物种选择：可根据上传序列选择对应的物种（动物或者植物）进行分析，保证预测结果的准确性。

⑤预测软件：因为miRNA的靶基因预测方法在动、植物有所区分，动物：miRanda、TargetScan、RNAhybrid，植物：psRobot、targetfinder、RNAhybrid；可选择多款软件进行预测。

⑥预测标准：当预测软件选择多款软件分析时，可选择是否取多种靶标预测结果的交集作为miRNA的靶基因输出结果。

3. 结果解读：

详细数据结果请自行去文件处下载，输出结果包含具有靶向关系的miRNA和靶RNA的名称编号；miRNA匹配靶基因起始位置；靶基因预测结果得分，值越大越可靠；miRNA与靶基因结合的自由能，值越小结合越稳定；miRNA与靶基因的比对序列等等信息。

4.参考文献：

[1] Enright A J, John B, Gaul U, et al. MicroRNA targets in Drosophila[J]. Genome Biology, 2003, 5(1).

[2] Agarwal V, Bell G W, Nam J, et al. Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs[J]. eLife, 2015.

[3] Wu H, Ma Y, Chen T, et al. PsRobot: a web-based plant small RNA meta-analysis toolbox[J]. Nucleic Acids Research, 2012: 22-28.