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工具概述
用于计算群落的系统发育α多样性指数，包括常用的PD、MPD、MNTD、NRI和NTI。
操作方法
1.任务名：设置任务名，便于查询后续的文件结果。
2.数据表：输入需要进行分析的数据表，文件应为txt格式，如下图。两列数据之间务必用制表符隔开（tab符），不能用空格。数据表必须包含行头和列头，首行为样本名，首列为序列名称。
3.选择文件：选择上传进化树文件或序列文件，建议上传进化树文件。
4.选择进化树文件：请上传newick格式的tree文件。
选择序列文件：请上传包含多条序列的标准fasta文件。fasta文件中的序列名称应与数据表中的序列名称保持一致。
5.系统发育指数：包括PD、MPD、MNTD、NRI和NTI。
PD - Phylogenetic diversity 系统发育多样性
MPD - Mean phylogenetic distance 种间平均进化距离
MNTD - Mean nearest taxon distance 最近种间平均进化距离
NRI - Net relatedness index 净种间亲缘关系指数
NTI - Nearest taxon index 净最近种间亲缘关系指数
结果解读
输出结果为每个样本对应的系统发育指数值。
参考文献
Webb, C.O., Ackerly, D.D., and Kembel, S.W. 2008. Phylocom: software for the analysis of phylogenetic community structure and trait evolution. Version 4.0.1. http://www.phylodiversity.net/phylocom/.
Q1：文件如何上传和删除？
①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中，上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。
②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。
Q2：运行成功的任务在哪里查看结果？
投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果，点击“结果”可查看页面运行结果，点击“文件”可查看结果文件夹，如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。
Q3：云工具任务如何删除？
运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除，删除的文件会在回收站保存30天，期间可随时复原。
