转录因子预测

1.工具概述：

转录因子 (Transcription factor) 是一类能与特异DNA序列结合的蛋白质，广泛存在于生物体中，能够通过特定的功能域（domain）识别并结合到基因上游调控区的顺式作用元件上，对基因的表达有激活或阻碍作用。转录因子通常由DNA结合功能域（DNA-binding domain，DBD）、转录活性功能域 (Trans-activating domain，TAD)、其他转录因子结合功能域（Signal sensing domain , SSD）组成。根据功能域的不同，可将转录因子归为不同的转录因子家族，同一家族的转录因子一般含有相同的DBD，不同的TAD。

通过分析基因转录产物含有的domain 信息，可对基因进行转录因子预测及家族分析，我们采用PlantTFDB5.0(https://planttfdb.gao-lab.org/)、AnimalTFDB4.0 (http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB4/#/)和JASPAR（动物，植物，线虫和部分真菌等)分别对植物和动物来源的基因进行转录因子分析。

2.操作方法：

①任务名称：对本次小工具运行任务进行命名，方便后续任务查找及分析结果查看。

②转录本序列文件：上传需要预测的氨基酸序列（fasta格式）。

示例文件：example.fasta

③预测数据库：选择所预测转录本物种对应的数据库。

④分类：当选择预测数据库为JASPAR会出现该选项，选择与转录本对应的具体分类信息即可。

⑤选择物种：选择所预测转录本的具体具体物种，若选择为none，则会搜索相应分类下的所有物种

3.结果解读：

相关运行结果请去结果目录处自行下载。

结果文件各列信息说明：

（1）Transcript id: 转录本编号；（2）Gene id：转录本对应的基因编号；（3）Gene name：基因名称；（4）Gene description：基因描述信息；（5）Family：基因或转录本所属的转录因子家族；（6）DNA domain：基因注释到的DNA结合域；（7）Domain description：DNA结构域的描述信息；（8）Evalue：利用Hmmscan分析基因所属转录因子家族的Evalue，该值越小越好；（9）Score：利用Hmmscan分析基因所属转录因子家族的得分，该值越大越好；（10）TF id：基因注释到的转录因子编号；（11）Hit pident：利用blast对基因进行转录因子注释，pident（percent of identity）指一致性，即两个序列间完全相同的部分所占的百分比；（12）Hit evalue：利用blast对基因进行转录因子注释的evalue，该值越小越好。