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工具概述
基于细菌基因组序列文件，快速鉴定质粒序列，并与质粒参考数据库进行比对获得注释信息。
操作方法和文件格式
1. 根据需要分析的样本数（基因组数）选择文件类型。选择单个基因组时，选择文件为单个fasta序列文件；选择多个基因组时，选择文件为序列文件夹，文件夹包含多条fasta序列文件和list文件。
2. fasta基因组序列文件首先以“>”开头，接着是序列的名称。换行之后是序列信息，序列中不允许有空格和空行。格式如下：
3. list文件为文本格式，表头包含Sample和Filename，格式如下：
结果解读
鉴定统计表
给出输入样本（基因组）的质粒鉴定结果，统计每个样本被鉴定为质粒的分布情况。质粒数目鉴定为0的样本不进行后续分析。
注：（1）Sample name：样本名称；（2）Contig num：该样本中包含的Contig数目；（3）Chromosome num：染色体数目；（4）Plasmid num：质粒数目；（5）Unclassified num：未分类数目。
质粒注释详情表
鉴定出为质粒的序列与质粒参考数据库的比对注释情况，该表格展示了blast的best hit结果。
注：（1）Sample name：样本名称；（2）Contig name：鉴定为质粒的序列；（3）Plasmid type：质粒类型；（4）Probablity(%)：鉴定为质粒的可能性；（5）Contig length(bp)：该序列长度；（6）GC content：该序列GC含量；（7）Acc num：参考数据库中的ID，可链接到NCBI；（8）Acc plasmid name：参考数据库中的质粒名称；（9）Identity(%)：blast比对的一致性；（10）E-value：blast比对的evalue值；（11）Taxon name：质粒的物种注释信息。
Q1：文件如何上传和删除？
①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中，上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。
②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。
Q2：运行成功的任务在哪里查看结果？
投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果，点击“结果”可查看页面运行结果，点击“文件”可查看结果文件夹，如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。
Q3：云工具任务如何删除？
运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除，删除的文件会在回收站保存30天，期间可随时复原。
