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CDS转蛋白小工具将cds序列翻译成蛋白序列 , 由于不同的物种或者特殊的细胞器(线粒体等)的密码子存在差异,可以根据需要,使用不同的密码子进行蛋白翻译。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://cloud.majorbio.com/page/tools/)
- 帮助文档
- FAQ
工具概述
将CDS区的核酸序列根据物种信息转换成氨基酸序列
操作方法
输入:
选择文件:上传核酸序列文件,文件格式要求为fasta格式。
参数:
1.翻译方向:翻译方向:表示从5’端或者从3’端开始翻译,选择both时,输出结果给出分别从5'端和3'端的结果。
2.翻译起始位置:1表示从输入文件的第一个核酸开始转换,2表示从输入文件的第二个核酸开始转换,3表示从输入文件的第三个核酸开始转换,选择both时,输出结果给出分别从第1、2、3个核酸开始转换的结果。
3.选择密码子表:
注:不同生物使用各种密码子的频率是不同的,这种现象称为密码子使用偏好性。线粒体和核基因组所使用的密码子表,是存在差异的。我们提供不同物种的氨基酸密码子表,Standard:标准(或通用)密码子表
结果解读
程序将根据参数设置输出一条或多条序列的氨基酸序列的fasta文件,并提供fasta文件下载。
Q1:文件如何上传和删除?
①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。
②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。
Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?
投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。
Q3:云工具任务如何删除?
运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。