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NCBI参考基因组文件下载

基于NCBI的登录号(支持GCF/GCA)进行参考基因组文件下载。GCA来源于Genebank,GCF来源于Refseq。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://www.majorbio.com/tools)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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1.工具概述

基于用户填写的NCBI登录号(例如:GCA_002140055.1使用ascp软件快速下载NCBI上的数据

SRA数据库Sequence Read Archive:隶属NCBINational Center for Biotechnology Information,它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据metadata的数据库,所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此,方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。

解决问题:下载sra文件是为了获取相应的fastq或者sam文件,这样可以和自己的pipeline对接上,然后直接进行分析。

2.操作方法

①任务名称:对本次小工具运行任务进行命名方便后续任务查找及分析结果查看

②登录号:应该以GCA或者GCF开头,每次只能填写一个登录号。

3.结果解读

相关运行结果请去结果目录处自行下载,结果目录中的文件数量与直接从NCBI上下载的数量完全一致,主要包括genomic.fna序列文件、genomic.gff/gtf参考注释文件等

4.参考文献

  [1] Yuichi K, Martin S, Rasko L. The sequence read archive: explosive growth of sequencing data[J]. Nucleic Acids Research, 2012, 40: D54-56.


Q1:文件如何上传和删除?

①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。

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②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。

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Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?

投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。

图片4.pngQ3:云工具任务如何删除?

运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。

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