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FUNGuild功能预测

FUNGuild是一款通过微生态guild对真菌群落进行分类分析的工具。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://cloud.majorbio.com/page/tools/)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

FUNGuildFungi Functional Guild)基于目前已发表的文献或权威网站数据,根据营养方式将真菌分为三大类,病理营养型(pathotroph)、共生营养型(symbiotroph)、腐生营养型(saprotroph)。基于3大营养方式,又进一步细分为若干个guildsguild是微生态学中的概念,其涉及到一类物种(不管亲缘关系相近与否)能通过相似的途径利用同类环境资源。

 

操作方法

1.任务名:设置任务名,便于查询后续的文件结果。

2.丰度表:输入需要进行分析的数据表,文件应为txt格式,如下图。两列数据之间务必用制表符隔开(tab符),不能用空格。最后一列为物种注释信息,不同层级物种要以分号分隔开。

图片1.png 

注:输入文件第一列表头必须为OTU ID,最后一列表头必须为taxonomy 

结果解读

输出结果包括以下3个文件:

1.Funguild.txtFUNGuild功能预测结果表

图片2.png 

注:前几列为丰度表数据,后面为预测得到的信息。Trophic mode:营养方式;②Guild:对Trophic mode分类的补充,更加细分;③Growth morphology:生长形态;④Trait:描述某些真菌的生长时的特征,如白腐(white rot)等;⑤Confidence Ranking:置信度,基于已发表文献或权威网站或作者实验室研究数据对分类结果给出可信度评估,分“极可能”(highly probable)、“很可能”(probable)和“可能”(possible)三个等级;⑥Notes:描述某些真菌的寄主类型、生境特征等;⑦Citation/Source为引用/来源:对真菌进行功能guild划分的参考文献或网站信息。

 

2.FUNGuild_guild.txtGuild功能丰度表

图片3.png 

注:第一列为Guild功能,其余各列为该功能在各样本中的丰度值。

 

3.FUNGuild_Trophic_mode.txtTrophic mode功能丰度表

图片4.png 

注:第一列为Trophic mode功能,其余各列为该功能在各样本中的丰度值。

 

参考文献

[1] FUNGuild: An open annotation tool for parsing fungal community datasets by ecological guild[J]. Fungal Ecology, 2015.



Q1:文件如何上传?

工具数据可上传至我的数据工具数据→personal文件夹。 e8028fc0f3b21d6ac64ceca3150d7afc.png

点击右上方上传文件即可上传本地文件至平台,personal文件夹下也可新建文件夹

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Q2:上传的文件如何删除?

勾选文件/文件夹,点击右上方的文件操作,选择删除文件,文件也可移动或复制。

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Q3:运行工具时选择好上传的文件后,无法进入下一步?

由于显示器分辨率的不同,弹出框展示可能不全,正常展示如下图所示,选择文件后,弹出框右下角为【确定】按钮,您可以按住ctrl键向下滑动鼠标缩小页面至窗口显示完全。49ecd5ebb5f52889a095f4a062816149.png



Q4:云工具的运行结果怎么查找?

我的分析→工具总览可查看所有运行的工具任务。点击【结果】查看分析结果报告,点击【下载文件】可下载结果文件至本地保存。

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