FUNGuild功能预测

工具概述

FUNGuild（Fungi Functional Guild）基于目前已发表的文献或权威网站数据，根据营养方式将真菌分为三大类，病理营养型（pathotroph）、共生营养型（symbiotroph）、腐生营养型（saprotroph）。基于3大营养方式，又进一步细分为若干个guilds。guild是微生态学中的概念，其涉及到一类物种（不管亲缘关系相近与否）能通过相似的途径利用同类环境资源。

操作方法

1.任务名：设置任务名，便于查询后续的文件结果。

2.丰度表：输入需要进行分析的数据表，文件应为txt格式，如下图。两列数据之间务必用制表符隔开（tab符），不能用空格。最后一列为物种注释信息，不同层级物种要以分号分隔开。

注：输入文件第一列表头必须为OTU ID，最后一列表头必须为taxonomy 

结果解读

输出结果包括以下3个文件：

1.Funguild.txt：FUNGuild功能预测结果表

注：前几列为丰度表数据，后面为预测得到的信息。①Trophic mode：营养方式；②Guild：对Trophic mode分类的补充，更加细分；③Growth morphology：生长形态；④Trait：描述某些真菌的生长时的特征，如白腐（white rot）等；⑤Confidence Ranking：置信度，基于已发表文献或权威网站或作者实验室研究数据对分类结果给出可信度评估，分“极可能”（highly probable）、“很可能”（probable）和“可能”（possible）三个等级；⑥Notes：描述某些真菌的寄主类型、生境特征等；⑦Citation/Source为引用/来源：对真菌进行功能guild划分的参考文献或网站信息。

2.FUNGuild_guild.txt：Guild功能丰度表

注：第一列为Guild功能，其余各列为该功能在各样本中的丰度值。

3.FUNGuild_Trophic_mode.txt：Trophic mode功能丰度表

注：第一列为Trophic mode功能，其余各列为该功能在各样本中的丰度值。

参考文献

[1] FUNGuild: An open annotation tool for parsing fungal community datasets by ecological guild[J]. Fungal Ecology, 2015.