ANOSIM分析

工具概述

ANOSIM分析，即相似性分析，是一种非参数检验，利用距离算法计算两两样品间的距离，来检验组间（两组或多组）差异是否显著大于组内差异。

操作方法

1. 输入需要进行分析的数据表，文件应为txt格式，数据表必须包含行头和列头，首行为样本名，首列为物种等特征名称。数据与数据之间务必用制表符隔开（tab符），不能用空格。

以微生物多样性OTU表为例：

2. 输入分组文件，要求分组数≥2，每组样本数≥3。

3. 选择距离算法，提供常见距离算法，可根据需求进行选择。

结果解读

ANOSIM分析箱型图

注：X轴为组内或者组间的距离值，Between对应的箱子代表组间差异的距离值，其余的箱子代表组内差异距离值；Y轴刻度表示距离值的大小。

ANOSIM分析结果表

注：Statistic为R值，范围为-1~1，当R值越接近于1时，表明组间差异越大于组内差异。当Pvalue < 0.05时，表示具有显著性。Permutation_number为置换次数，默认999。

参考文献

[1] Leung M H Y, Chan K C K, Lee P K H. Skin fungal community and its correlation with bacterial community of urban Chinese individuals[J]. Microbiome, 2016, 4(1): 46.