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ANOSIM分析

ANOSIM分析,常配合PCA/PCoA/NMDS分析使用,用于判断组间差异是否显著大于组内差异,从而来判断分组是否有意义。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://cloud.majorbio.com/page/tools/)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

ANOSIM分析,即相似性分析,是一种非参数检验,利用距离算法计算两两样品间的距离来检验组间(两组或多组)差异是否显著大于组内差异

 

操作方法

1. 输入需要进行分析的数据表,文件应为txt格式,数据表必须包含行头和列头,首行为样本名,首列为物种等特征名称。数据与数据之间务必用制表符隔开(tab符),不能用空格

以微生物多样性OTU表为例:

图片1.png 

2. 输入分组文件,要求分组数2,每组样本数≥3

图片2.png 

3. 选择距离算法,提供常见距离算法,可根据需求进行选择

 

结果解读

ANOSIM分析箱型图

图片3.png 

 

注:X轴为组内或者组间的距离值,Between对应的箱子代表组间差异的距离值,其余的箱子代表组内差异距离值;Y轴刻度表示距离值的大小。

 

ANOSIM分析结果表

图片4.png 

注:StatisticR值,范围为-1~1,当R值越接近于1时,表明组间差异越大于组内差异。当Pvalue < 0.05时,表示具有显著性。Permutation_number为置换次数,默认999

 

参考文献

[1] Leung M H Y, Chan K C K, Lee P K H. Skin fungal community and its correlation with bacterial community of urban Chinese individuals[J]. Microbiome, 2016, 4(1): 46.


Q1:文件如何上传和删除?

①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。

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②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。

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Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?

投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。

图片4.pngQ3:云工具任务如何删除?

运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。

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