序列ORF查找

工具概述

在目标DNA序列中搜寻开发阅读框，可以输出每个ORF所在的区域，并翻译成对应的蛋白序列。此工具可以为新预测的DNA序列查找潜在的蛋白编码区

操作方法

输入：

输入序列：必须是核酸序列，文件格式为fasta格式，文件名以fa或者fasta作为后缀。

1.开放阅读框开始于：选择起始密码子类型，用于开始ORF查找。

2.查找ORF需要从阅读框第N个碱基开始：1表示从阅读框的第一个核酸开始查找，2表示从阅读框的第二个核酸开始查找，3表示从阅读框的第三个核酸开始查找，选择1，2and3时，输出结果给出分别从第1、2、3个核酸开始查找的结果。

3.搜索:选择ORF查找的方向，正义链表示从5’端到3’端查找，反义链表示从3’端到5’查找，选择双链时，输出结果给出分别从5'端和3'端的结果。

4.选择密码子表：

注：不同生物使用各种密码子的频率是不同的，这种现象称为密码子使用偏好性。线粒体和

核基因组所使用的密码子表，是存在差异的。我们提供不同物种的氨基酸密码子表，Standard：标准（或通用）密码子表

结果解读

程序将根据参数设置输出一条至多条序列的ORF预测的氨基酸序列和核酸序列，结果文件按序列长度进行排序，并提供fasta文件下载。