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工具概述
NMDS的是将对象间的相似性或相异性数据看成点间距离的单调函数，在保持原始数据次序关系的基础上，对其进行变量变换以数据列替换原始数据进行度量型多维尺度分析。其特点是根据样品中包含的信息，以点的形式反映在多维空间上，而对不同样品间的差异程度，则是通过点与点间的距离体现的，最终获得样品的空间定位点图，如样本的组成越相似，则样本点在图中的距离越接近，反之亦然。
操作方法
1.1输入需要进行分析的数据表，文件应为txt格式，数据表必须包含行头和列头，首行为样本名，首列为基因/物种等特征名称。如图1。数据与数据之间务必用制表符隔开（tab符），不能用空格。
1.2输入分组文件，分组文件应为txt格式，如图2。
1.3选择Z-score 标准化，选择是否对数据做标准化处理。
1.4选择距离算法，提供常见距离算法，可根据需求进行选择。
结果解读
NMDS点图
不同颜色或形状的点代表不同环境或条件下的样本组，点之间的距离表示差异程度，横纵坐标表示相对距离，无实际意义。Stress：检验NMDS分析结果的优劣。通常认为stress<0.2时可用NMDS的二维点图表示，其图形有一定的解释意义；当stress<0.1时，可认为是一个好的排序；当stress<0.05时，则具有很好的代表性。
NMDS分析结果表
样本在各维度的相对位置。
参考文献
[1] Li G, de Vries WT, Wu C, Zheng H. Improvement of subsoil physicochemical and microbial properties by short-term fallow practices. PeerJ. 2019;7:e7501.
[2] Wylie KM, Blankenship SA, Tuuli MG, Macones GA, Stout MJ. Evaluation of patient- versus provider-collected vaginal swabs for microbiome analysis during pregnancy. BMC Res Notes. 2018;11(1):706.
Q1：文件如何上传和删除？
①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中，上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。
②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。
Q2：运行成功的任务在哪里查看结果？
投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果，点击“结果”可查看页面运行结果，点击“文件”可查看结果文件夹，如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。
Q3：云工具任务如何删除？
运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除，删除的文件会在回收站保存30天，期间可随时复原。
