PICRUSt2功能预测

工具概述

基于标记基因预测功能丰度，对16S、18S或ITS测序数据进行功能预测分析。

操作方法

1.任务名：设置任务名，便于查询后续的文件结果。

2.丰度表：输入需要进行分析的丰度表，文件应为txt格式，如下图。两列数据之间务必用制表符隔开（tab符），不能用空格。数据表必须包含行头和列头，首行为样本名，首列为序列名称。

3.代表序列：输入代表文件，必须为fasta格式。Fasta代表序列文件首先以“>”开头，接着是序列的名称，换行之后是序列信息。格式如下：

4.数据类型：可以选择16S、18S和ITS。请选择正确的数据类型，16S：细菌和古菌，18S/ITS：真菌。

结果解读

输出结果为PICRUSt2功能预测结果压缩包，不同测序数据得到的结果文件不同：

1.16S：可得到COG、KEGG及MetaCyc数据库预测结果。

├──COG：COG功能预测结果目录

│   ├──weighted_nsti.xls：NSTI值

│   ├──prediction_cog.xls：cog样品丰度表

│   ├──prediction_function.xls：function样品丰度表

├──KEGG：KEGG功能预测结果目录

│   ├──weighted_nsti.xls：NSTI值

│   ├──prediction_enzyme.xls：enzyme样品丰度表

│   ├──prediction_KO.xls：KO样品丰度表

│   ├──prediction_module.xls：module样品丰度表

│   ├──prediction_pathway.L1.xls：代谢通路level 1丰度表

│   ├──prediction_pathway.L2.xls：代谢通路level 2丰度表

│   ├──prediction_pathway.L2.xls：代谢通路level 3丰度表

├──MetaCyc：MetaCyc功能预测结果目录

│   ├──MetaCyc_pathway_pred.xls：MetaCyc pathway样品丰度表

├──COG_predicted.xls：预测的COG功能数量

├──EC_predicted.xls：预测的enzyme数量

├──KO_predicted.xls：预测的KO数量

├──marker_predicted_and_nsti.xls：预测的拷贝数和NSTI值

├──out.tre：参考序列树文件

2.18S/ITS：可得到KEGG及MetaCyc数据库预测结果。

├──KEGG：KEGG功能预测结果目录

│   ├──weighted_nsti.xls：NSTI值

│   ├──prediction_enzyme.xls：enzyme样品丰度表

├──MetaCyc：MetaCyc功能预测结果目录

│   ├──MetaCyc_pathway_pred.xls：MetaCyc pathway样品丰度表

├──EC_predicted.xls：预测的enzyme数量

├──marker_predicted_and_nsti.xls：预测的拷贝数和NSTI值

├──out.tre：参考序列树文件

参考文献

[1] Douglas G M , Maffei V J , Zaneveld J R , et al. PICRUSt2 for prediction of metagenome functions[J]. Nature Biotechnology.