通用富集分析

工具概述

根据给定的基因注释信息，利用超几何分布检验的方法进行基因富集分析。

操作方法

1.设置任务名，便于您查询后续的文件结果

2.输入基因集，基因集为一列基因名。文件为txt纯文本格式。

3.选择校正方法：BH/fdr，holm，Hochberg，hommel，Bonferroni，BY，无

4.选择基因注释信息，基因注释信息首列为通路名称，第二列为通路中所包含的基因，基因应与基因集中的基因对应。

5.设置最小注释基因数目，注释到某一term的最小基因个数，超过给定值才进行入分析

6.设置最大注释基因数目，注释到某一term的最大基因个数，低于给定值才进行入分析

7.点击运行生成富集分析结果，结果中以气泡图，柱状图，UpSet图，富集数据表展示。

结果解读

纵轴表示GO Term，横轴表示Rich factor【该GO term中富集到的基因/转录本数目（Sample number）与注释基因/转录本数目（Background number）的比值。Rich factor越大，表示富集的程度越大】，点的大小表示此GO Term中的基因/转录本个数，点的颜色对应于不同的Padjust范围。

纵坐标表示GO term，上方横坐标表示比对上该GO term的基因/转录本数量，对应的是折线上的不同的点；下方横坐标表示富集的显著性水平，对应的是柱子的高度，其中，Padjust越小，-log10（Padjust）值越大，该GO term越显著富集。

柱形图代表基因数目，连线图代表不同通路间的基因交集。