- 帮助文档
- FAQ
1.工具概述：
RNA桑基图常用于展示关联数据间的流动规律，在气泡图左侧通过添加桑基图，可将每个Pathway中的Gene ID进行直观展示，从而实现更多维度的信息展现。
2.操作方法：
①任务名称：对本次小工具运行任务进行命名，方便后续任务查找及分析结果查看。
②富集分析结果表：第一列为通路ID，第二列为通路描述信息，第三列为Rich factor，第四列为Pvalue/Padjust，第五列为富集到该通路上的基因name/id，必须用“英文状态下的分号”分割，第六列为富集到该通路上基因的数量。上传文件支持xls和txt格式，可参考示例文件格式。
示例文件：
③显著性水平：padjust/p value默认0.05，范围为[0,1]，显著性padjust/p value越小越富集越显著。
④显示通路数目：默认20，范围为[1,50]，即按照padjust/p value从小到大排序后取前20的Pathway，可手动修改显示数目。
⑤桑基图基因展示：提供2种基因展示形式：①按照顺序展示，即每个通路中取自定义的基因个数；②自定义，即上传目标基因列表按照列表基因展示，这里输入基因需要和富集分析结果表的基因保持一致。
⑥显示gene数目：左侧桑基图展示的基因数目，默认5，范围为[1,20]，即按照富集分析结果表每个通路中取自定义的基因个数。
⑦桑基图基因列表：当选择自定义展示基因的时候，上传基因列表文件，该文件内容为一列Gene，无表头信息，文件为xls或txt格式，可参考示例文件格式。这里输入基因需要和富集分析结果表的基因保持一致。
示例文件：
⑧气泡图配色方案：提供几种高频可视化呈图配色方案，可切换不同的配色方案分析。
3.结果解读：
图中桑基图和气泡图通过通路名称进行连接，其中桑基图展示了该通路下的基因；气泡图通过气泡的位置展示了该通路的Rich factor值，通过气泡的大小展示了富集到该通路下基因的数量，通过气泡的颜色展示了该通路的P值。
Q1：文件如何上传和删除？
①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中，上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。
②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。
Q2：运行成功的任务在哪里查看结果？
投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果，点击“结果”可查看页面运行结果，点击“文件”可查看结果文件夹，如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。
Q3：云工具任务如何删除？
运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除，删除的文件会在回收站保存30天，期间可随时复原。
