AUCell基因集打分

1.工具概述：

AUCell可以识别单细胞RNA测序数据中具有活跃基因集（例如signatures，基因模块）的细胞。AUCell使用“曲线下面积”（AUC）来计算输入基因集的关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集/活化。

2.操作方法：

①任务名称：对本次小工具运行任务进行命名，方便后续任务查找及分析结果查看。

②Seurat RDS文件：此文件格式为RDS，rds是R语言中利用二进制保存的源文件。

此处需要上传的是单细胞数据中seurat软件的RDS文件。此文件主要包括表达量矩阵文件、降维聚类之后每个细胞对应的cluster和样本（sample）结果。以上信息为必须，除此之外也可以加上每个细胞对应的组别（group）和细胞类型（celltype）信息。

示例文件：

③细胞类型注释结果：此表共计两列，第一列为cluster，第二列为celltype;只能以英文字符开头，允许字母、数字、下划线，不能出现“+”“-”等特殊符号，此表格为文本文件(制表符分隔)(*.txt)文件。

示例文件：

④样本选择：此项为可选项。输入待分析的样本名称，允许多个同时检索，中间以英文状态逗号隔开。

⑤分组信息表：分组方案，第一列为样本名，第二列为组名，制表符分隔。表头固定,必须包含sample和group2列信息。

示例文件：

⑥上传基因集：输入待分析的基因集，可以是数据库中下载的基因集，如GSEA，或从文献中获取，也可以自定义基因集如免疫相关，自噬相关基因集等。第一行为基因集名，其余各行为基因名，此表格为CSV(逗号分隔)（*.csv）文件，只能以英文字符开头，允许字母、数字、下划线，不能出现“+”“-”等特殊符号。

示例文件：

⑦rank：为了计算 AUC，默认情况下仅使用排名中前 5% 的基因（即检查基因集中的基因是否在前 5%之内），此参数越大运行时间越长。

3.结果解读：

AUCell对每个细胞进行打分，计算对应基因集活性，并根据分值分布将细胞状态判定为“positive ”或“negative”。分值分布和阈值判定结果都支持tSNE和UMAP两种可视化形式，同时支持整体展示，分组别展示，分样本展示，需要在结果上方鼠标点击“切换展示结果”进行查看。

（1）AUCell基因集打分结果Score值展示图

图注：title与输入的基因集名称一致，每个点代表一个细胞，颜色表示细胞活性打分。

注意：该模块图片默认展示整体UMAP散点图。此图上方可以切换可视化方式。如需下载图片，点击下载按钮即可！

（1）AUCell阈值判定结果展示图

图注：title与输入的基因集名称一致，每个点代表一个细胞。颜色表示判定结果。

注意：该模块图片默认展示整体UMAP散点图。此图上方可以切换可视化方式。如需下载图片，点击下载按钮即可！