ANI/AAI分析

工具概述

ANI全称Average Nucleotide Identity，即平均核苷酸一致性，AAI全称Average Aminoacid Identity，即平均氨基酸一致性，它们反应基因组之间进化距离关系。主要用于在全基因组水平评估物种间的亲缘关系，一般同物种间的ANI/AAI值在95％以上。

软件版本

MUMmer: version 3.23

操作方法

1. 选择基因组序列文件夹，文件夹包含fasta的基因组文件（至少2条）和list文件。

fasta格式首先以大于号“>”开头，接着是序列的名称“sequence1”。换行后是序列信息，序列中不允许有空格和空行。

list文件为文本格式，文件命名必须是list.txt，表头包含Sample和Filename。

注：如上图所示，若list中filename有2个—E8.fasta和E1.fasta，则对应的fasta文件也应该有两个，且fasta文件的名称命名，和filename的命名要保持一致，即两个fasta文件是—E8.fasta和E1.fasta

2. 选择分析内容，ANI分析可选择不同分析方法和聚类方式，AAI分析可调整E-value值（范围为0-1），Identity值（范围为30-100，整数值），Alignment Length值（范围为50-100，整数值）以及聚类方式。

注：分析选择ANI分析，若方法选择ANIm,ANIb,ANIblastall，则基因组个数（即输入文件数）需＜100；选择TETRA，则基因组个数（即输入文件数）需＜1000；分析选择AAI分析，则基因组个数（即输入文件数）需＜100。

结果解读

ANI/AAI分析结果表

注：第一行和第一列为样本名，表中数值为两个样本的AAI值，数值越大，表示两个样本的相似性越大。

ANI/AAI分析矩阵图

注：图为菌株ANI矩阵热图。上侧和左侧为进化树，下侧和右侧为样本名称，不同颜色的方块表示样本间的核苷酸相似性。

ANI/AAI分析三角热图

注：图为菌株AAI三角热图。AAI值为相同样本比对值取平均值的结果，左侧为样本名称，不同颜色的方块表示样本间的氨基酸相似性。