肿瘤纯度与评分

工具概述

基质细胞、免疫细胞 是肿瘤组织中除肿瘤本身外，最多的成分。

ESTIMATE 软件基于ssGSEA算法，使用表达数据估计恶性肿瘤组织中的基质细胞和免疫细胞，是一种预测肿瘤纯度以及使用基因表达数据预测肿瘤组织中浸润的基质/免疫细胞的工具。

 注：该工具只能对人肿瘤样本进行分析！

操作方法：

1.设置任务名，便于您查询后续的文件结果。

2.选择基因数据表：文件必须为txt格式。可以选择在excel中将数据打开，然后另存为"文本文件(制表符分隔)(*.txt)"。输入的文件第一行为样本ID，不能有中划线等特殊符号，第一列为基因ID，ID必须是ensemble id，表中的数值为每个样本中每个基因的表达量矩阵表。

3.运行后可在结果页面，使用图表插件对图标题内容，字体，字号，配色等进行调整。

结果解读

此项结果不仅仅可以得到免疫和基质评分，还可以综合获得Estimate score，并依据 Estimate 评分计算获得肿瘤纯度。我们可以通过免疫细胞评分或纯度关联临床特征，从而预测适用于免疫治疗的患者。

表注：

StromalScore: 间质细胞打分；

ImmuneScore: 免疫细胞打分；

ESTIMATEScore: 经过整合以上两个打分得到的ESTIMATE打分（前2列之和）；

TumorPurity：肿瘤纯度。

一般来讲：

基质得分与免疫得分，是正相关的，基质和免疫得分越高，肿瘤纯度越低。可以用ESTIMATE Score评价肿瘤纯度，越高，肿瘤纯度越低。

图注：

图中展示了各样本不同细胞特征标签的分值，横坐标为样本，纵坐标为细胞特征标签，分为免疫细胞、基质细胞、ESTIMATE 总分或纯度四种特征。红色越深表示该细胞群体占比越高，蓝色越深表示该细胞群体占比越低。

参考文献

[1] Yoshihara Kosuke,Shahmoradgoli Maria,Martínez Emmanuel et al. Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data.[J] .Nat Commun, 2013, 4: 2612.