KEGG富集气泡图(单组)

1.工具概述：

利用KEGG富集分析表绘制富集气泡图。富集气泡图主要针对KEGG富集分析结果的可视化。本款小工具的绘图是从富集内容（涉及的Pathway通路信息）、富集基因数量、富集比例（富集因子）、富集显著性等四个维度进行展示。其制作原理非常简单，就是通过KEGG富集分析表中的信息，根据富集的显著性从高到低排序，选取显著性最高的前几个Pathway（一般是20），对其所富集的基因数目进行多维展示。简单来说，就是对表中的Pvalue值或Padjust值从小到大排序后，挑选对应的前N条Pathway，展示Pathway中富集的基因情况。

2.操作方法：

①任务名称：对本次小工具运行任务进行命名，方便后续任务查找及分析结果查看。

②KEGG富集分析表：支持两种类型的文件进行分析：Pvalue或者Padjust。上传文件格式为.xls形式，按照示例文件修改待分析KEGG富集分析表，以防运行失败。

示例文件1：输入Padjust类型的KEGG富集分析表，示例如下：

备注：（1）Pathway ID：通路编号；（2）Pathway Description：通路名称；（3）Number：富集到该通路的基因/转录本数目；（4）Ratio_in_study：该Pathway在目标基因集中占有的比例，分子为基因集中富集到该Pathway的基因/转录本数目，分母为该基因集中具有Pathway注释的基因/转录本总数目；（5）Ratio_in_pop：该Pathway在背景基因/转录本（测序得到的所有基因/转录本）中占有的比例，分子为所有背景基因/转录本中富集到该Pathway的数目，分母为所有背景基因/转录本中具有Pathway注释的总数目；（6）Pvalue：矫正后的Pvalue值，代表富集出来的结果是否具有统计学上的显著意义，P值越小，在统计学上就越有显著意义。

示例文件2：输入Pvalue类型的KEGG富集分析表，示例如下：

备注：（1）Pathway ID：通路编号；（2）Pathway Description：通路名称；（3）Number：富集到该通路的基因/转录本数目；（4）Ratio_in_study：该Pathway在目标基因集中占有的比例，分子为基因集中富集到该Pathway的基因/转录本数目，分母为该基因集中具有Pathway注释的基因/转录本总数目；（5）Ratio_in_pop：该Pathway在背景基因/转录本（测序得到的所有基因/转录本）中占有的比例，分子为所有背景基因/转录本中富集到该Pathway的数目，分母为所有背景基因/转录本中具有Pathway注释的总数目；（6）Pvalue：未经校正的P值，代表富集出来的结果是否具有统计学上的显著意义，P值越小，在统计学上就越有显著意义。

③显著性水平：默认0.05，范围为[0,1]，显著性P值越小越富集越显著。

④显示数目：默认20，及只显示富集程度前20的KEGG Pathway，可手动修改显示数目。

3.结果解读：

KEGG富集气泡图

富集气泡图的结果是一张通过数值，颜色，图形大小等直观指标展示富集功能目标基因情况的图形。它主要通过以下四个不同维度对结果进行展示：

Y轴标签：代表KEGG Pathway名称；

X轴标签：富集因子（Rich Foctor）；富集因子的计算公式：目标基因集中属于这个KEGG Pathway的基因的数量÷背景基因集中这个KEGG Pathway所有基因的数量。

气泡大小：目标基因集中属于这个KEGG Pathway的基因数量，点越大，特定KEGG Pathway中的基因数目越多。

气泡颜色：富集显著性，即Pvalue或Padjust数值的大小，P值越小越显著。

4.重要提示：

本工具为绘制气泡图，用于展示富集分析结果中P值最小的前N个功能或者通路。外来数据格式不兼容时，请使用本工具前，按照输入示例文件格式对数据进行修改。