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工具概述
以PubMLST数据库为参考，识别获得输入基因组的多位点序列基因型（MLST）信息。
操作方法和文件格式
1. 选择上传基因组序列文件，文件选择为单个fasta序列文件：
fasta基因组序列文件首先以“>”开头，接着是序列的名称。换行之后是序列信息，序列中不允许有空格和空行。格式如下：
2. 选择分析物种，数据库提供了129种细菌物种的MLST信息。老师可根据自己上传的物种基因组类型进行选择。
结果解读
MLST分型统计表
该表格展示了基因组的序列型和等位基因信息。
如果该样本的等位基因都比对上，但是没有ST的信息，ST为ST-new；如果该样本的等位基因没有比对上，ST为unknown。
注：（1）Sample Name：样本名称；（2）ST：序列基因型编号；（3）后面列为等位基因编号。
MLST分型比对详情表
该表格展示了与参考数据库比对之后等位基因比对详情结果。
注：（1）Sample Name：样本名称；（2）Locus：等位基因信息；（3）Identity：比对的一致性；（4）Coverage：比对的覆盖度；（5）Alignment_Length：该基因组上比对到数据库的长度；（6）Allele_Length：该等位基因的长度；（7）Gaps：比对的gap数目；（8）Allele：等位基因的编号。
Q1：文件如何上传和删除？
①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中，上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。
②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。
Q2：运行成功的任务在哪里查看结果？
投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果，点击“结果”可查看页面运行结果，点击“文件”可查看结果文件夹，如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。
Q3：云工具任务如何删除？
运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除，删除的文件会在回收站保存30天，期间可随时复原。
