代谢物HMDB注释

工具概述

HMDB （人类代谢组数据库, www.hmdb.ca）包含有关人类代谢物及其生物学作用，生理浓度，疾病关联，化学反应，代谢途径和参考光谱的综合信息，目前更新到4.0版本。HMDB 4.0，代表了其历史上最重大的数据库升级。例如，完全注释代谢物的数量增加了近三倍，实验光谱的数量增长了近四倍，说明的代谢途径的数量增加了近60倍。HMDB的化学分类学，化学本体论，光谱查看和光谱/文本搜索工具也取得了重大进展。HMDB 4.0还添加了大量全新的数据。这包括大量预测的MS / MS和GC-MS参考光谱数据以及预测（生理上可行的）代谢物结构以促进新代谢物鉴定。还增加了关于代谢物-SNP相互作用的其他信息以及药物对代谢物水平的影响（药物代谢组学）。 HMDB网站的内容，界面和性能已经取得了许多其他重大改进，这些应用将极大地增强其易用性，并且在营养，生物化学，临床化学，临床遗传学，医学和代谢组学方面的潜在应用。

操作方法

输入需要进行分析的数据表，文件应为txt格式，数据表必须包括列头，列头的名称Metabolite，如图1。

结果解读

HMDB化合物注释总表

注：表中列出所有查询代谢物信息，未匹配的没有注释信息用横杠“—”表示，分页展示， 

注：展示注释到的HMDB的代谢物名称以及代谢的HMDB层级（Kingdom、Superclass、Class或Subclass）的信息。

KEGG通路统计表

注：展示注释到的所选HMDB层级（Superclass、Class或Subclass）的名称和代谢物数量点击数字，可以查看相应代谢物信息。

HMDB化合物分类统计图

注：根据代谢物的数量，从高到低顺序展示所选HMDB层级（Superclass、Class或Subclass）的名称和代谢物所占的百分比。图中每个饼图中的不同颜色代表了不同的HMDB分类，其面积表示该分类中代谢物所占的相对比例。