ANCOM差异检验分析(QIIME2)

工具概述

ANCOM分析是一种组间（两组或多组）显著性差异检验的分析方法，不依赖于数据的分布假设，克服了相对丰度分析方法的一些限制，有效降低结果的假阳性。此工具为QIIME2版本，使用软件为：QIIME2 v2022.2。

特别注意：在使用该工具分析的时候，需要使用绝对丰度/数量的原始数据表进行分析，不要使用经过其他方式转换后的数据表。要求：分组个数≥2，每组样本数≥3。

操作方法

1.任务名：设置任务名，便于查询后续的文件结果。

2.数据表：选择数据表，文件应为txt格式，第一行是样本名，第一列是物种名，数据必须是整数型。数据与数据之间务必用制表符隔开（tab符），不能用空格。格式如下图所示：

3.分组文件：选择进行差异分析的分组方案表，第一列是样本名，第二列是分组名，表格必须包含表头。分组个数 >=2，组内重复大于>=3。格式如下图所示：

结果解读

1. ANCOM分析显著差异表

注： 第1列为物种名称；第2列为ANCOM分析的W值，W值是一个衡量组间差异显著性的统计量，W值越大，该物种在组间差异越大；Reject null hypothesis列表示W值是否显著，TRUE表示显著，FALSE表示不显著。

2.ANCOM火山图

注：图中的点代表物种，纵坐标代表W值，横坐标代表clr值（center log transform），代表组间样品丰度的差异程度，数字绝对值越高代表相对丰度差异越大。因此在图中的点越靠近右上角（或左上角），则代表该物种与其他物种（靠近横轴0位置的物种）相比更具有显著性差异。

参考文献

Mandal S, Van Treuren W, White RA, Eggesbø M, Knight R, Peddada SD. Analysis of composition of microbiomes: a novel method for studying microbial composition. Microb Ecol Health Dis. 2015 May 29;26:27663. doi: 10.3402/mehd.v26.27663. PMID: 26028277; PMCID: PMC4450248.