VFDB数据库毒力基因预测

工具概述

该工具利用VFDB（Virulence Factor Database）数据库，对输入基因进行毒力基因预测注释。

操作方法

①选择序列类型。该工具针对的是已经预测好的基因数据进行毒力基因预测注释，因此输入文件可以是基因的核苷酸序列或者氨基酸序列，但是格式都是标准的FASTA序列格式，老师根据自己的文件类型选择对应的序列类型。

②选择上传单个样本时。需要上传单个fasta序列文件：fasta基因组序列文件首先以“>”开头，接着是序列（核苷酸或者氨基酸序列）的名称。换行之后是序列信息，序列中不允许有空格和空行。格式如下：

（1）氨基酸序列

（2）核苷酸序列

③选择上传多个样本时。需要上传文件夹，文件夹包含了多个fasta序列文件和list文件。list文件为文本格式，表头包含Sample（样本名）和Filename（fasta序列文件名）两列（使用tab键进行分隔），格式如下：

④完成上述操作后，点击运行即可。

结果解读

毒力基因预测统计表

该表展示了样本的独立基因预测统计结果。

示例结果如下：

注：（1）Sample Name：样本名；（2）Gene Num：预测到的毒力基因数目。

毒力基因预测详情表

点击毒力基因预测统计表中的Sample Name可展示该样本预测到的所有毒力基因的详细信息。示例结果如下：

（1）Sample Name：样本名；（2）ID：输入基因文件的序列名称；（3）VFDB ID：注释到的毒力因子ID编号；（4）VFs：毒力因子的名称，可点击查看详细信息；（5）Species：产此毒力因子的物种；（6）Identity(%)：序列一致性；（7）E-value：对Score值可靠性的评价，值越小越可信；（8）Score：比对得分，值越高，两个序列的同源性越高。