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代谢物聚类热图(兼容代谢物包含的特殊字符)

利用代谢物的表达量,从样本维度和代谢物维度计算距离,找出代谢物或样本间表达丰度相似的聚类。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://www.majorbio.com/tools)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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操作方法

①创建一个任务名称,可以包含字母,数字和下划线;

②参数页面输入相应文件和信息,有*号的参数为必填,无*号的为选填

③点击运行


结果解读

代谢物聚类热图

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注:图中每列表示一个样本,每行表示一个代谢物,图中的颜色表示代谢物在该组样本中相对表达量的大小,具体表达量大小变化趋势请见右下方颜色条下的数字标注。左侧为代谢物聚类的树状图,右侧为代谢物的名称,两个代谢物分支离得越近,说明它们的表达量越接近;上方为样本聚类的树状图,下方为样本的名称,两个样本分支离的越近,说明这两个样本所有代谢物的表达模式越接近,即代谢物表达量变化趋势越接近。


聚类热图数据表

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注: 第一列为质谱搜库鉴定得到的数据矩阵中,根据不同离子模式,随机给每个离子峰的编号,第二列为代谢物名称,其它列为代谢物在各样本中的表达量(经过数据预处理和Scale变换)。

Q1:文件如何上传和删除?

①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。

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②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。

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Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?

投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。

图片4.pngQ3:云工具任务如何删除?

运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。

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