表达差异可视化（火山图）

1.工具概述：

以组间差异倍数取以2为底的对数（log2(FC)）为横坐标，以差异显著性检验Pvalue/Padjust取10为底的对数的负值（-log10(P)）为纵坐标，给差异显著（一般为差异倍数为2倍以上，且P值小于0.05）的点赋不同的颜色，来显示两组样品间的差异显著性。适用于可视化转录组中差异数据。

2.操作方法：

①任务名称：对本次小工具运行任务进行命名，方便后续任务查找及分析结果查看。

②差异未筛选文件：输入的表格文件兼容xls和txt两种文本格式，可以选择在excel中将数据打开，然后另存为"文本文件(制表符分隔)(*.txt)"。上传文件包含3列信息，第一列为gene/transcript id/name；第二列为log2FC(A2/A1)：该基因/转录本在两样本间差异倍数以2为底的对数值，其中A1为对照，A2为处理；第三列为显著性P值，可以输入Padjust或者Pvalue进行绘图。

示例文件：demo_diffgene_list.txt

③显著性P值阈值：Pvalue值或Padjust值的阈值一般设定≤0.05，可自定义输入，默认取值范围为0-1，P值越小代表显著性水平越大。

④差异倍数阈值：上下调差异倍数即FC，一般输入为2，输出图形结果是log2（FC）。

⑤主标题、X和Y轴标题：自定义主标题和X轴、Y轴标题，默认主标题为Volcano Plot，X轴标题为log2(FC)，Y轴标题为-log10(Padjust)。

⑥配色选择：提供4种文献中高频配色方案，切换可展示不同图形效果，默认红蓝灰，即红色表示上调差异基因，蓝色表示下调差异基因，灰色表示非显著基因。

⑦是否显示显著差异的基因ID：默认不显示，当选择“自动化标记”的时候，默认按照P值取前10的基因进行标记，P值越小越显著；当选择“自定义”的时候，可手动出入要展示的id/name，支持多个输入，中间以英文状态的逗号隔开。

3.结果解读：

根据设定的参数，筛选出差异基因。默认图形中横坐标为log2(FC)值，纵坐标为P值或FDR值取-log10后的值。虚线代表设定分别设定的阈值，垂直y轴的虚线，为P/FDR阈值，虚线上为符合阈值的基因；垂直X轴的虚线，代表差异倍数阈值，虚线范围之外为符合阈值的基因。

同时满足以上两个条件的基因为差异基因，默认图形中红色代表上调差异基因（up），蓝色代表下调差异基因（down），灰色代表不符合阈值筛选的基因（nodiff）。

温馨提示：运行结果中可能出现基因重叠的情况，页面无法自适应，导致实际标记基因个数与参数栏输入个数不符，建议减少需要展示基因ID/name的个数。