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(O)PLS-DA (ropls)

PLS-DA是一种有监督的判别分析方法,常用来处理分类和判别问题。R中的ropls包主要应用于代谢组学的数据分析,基于特征分解的降维方法,用于区分样本差异或在海量数据中挖掘潜在标志物。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://cloud.majorbio.com/page/tools/)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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工具概述

偏最小二乘法判别分析是一种用于判别分析的多变量统计分析方法。使用偏最小二乘回归建立代谢物表达量与样本类别之间的关系模型,实现对样品类别的预测。

OPLS-DA分析中使用的置换检验为100次。

操作方法

1.1选择需要进行分析的数据表,数据表必须包含行头和列头,首行为样本名,首列为代谢物等特征名称。文件为txt格式纯文本文件,数据与数据之间务必用制表符隔开(tab符),不能用空格,如图1。

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1.2选择分组文件:点击选择文件按钮,从数据中心选择对应的分组数据表。

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1.3分析方法:单选,PLS-DA或者OPLS-DA。PLS-DA方法支持选择两组或多组,OPLS-DA方法只支持选择两组进行分析。

1.4样本组名称:根据上传的分组文件,输入需要比较的组名称。样本组之间用英文逗号,或|隔开。

结果解读

(O)PLS-DA分析图

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X axis表示每个点的PC1坐标,Y axis表示每个点的PC2坐标,不同颜色和形状代表不同分组。

样本Score矩阵

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name为样本名称,comp1和comp2分别为变量的第一主成分、第二主成分的解释度。

变量载荷矩阵

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name为变量名称,comp1和comp2分别为变量的第一主成分、第二主成分的解释度。

(O)PLS-DA模型排序验证图

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X axis表示置换检验的置换保留度(与原模型Y变量顺序一致的比例,置换保留度为1的点即为原模型的R2和Q2值),Y axis表示R2(红色圆点)和Q2(蓝色三角)置换检验的取值,两条虚线分别表示R2和Q2的回归线。不同颜色和形状代表不同分组。

模型参数表

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R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,R2X(cum)和R2Y(cum)表示累积解释率;Q2表示模型的预测能力,这3个指标越接近于1时表示模型越稳定可靠,Q2 > 0.5表示模型的预测能力较好,Q2 < 0.5表示模型的预测能力较差。p1,p2分别表示第一,第二主成分。

VIP值结果表

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Name为表示变量的名称,Variable Importance for the Projection (VIP),变量投影重要度,衡量每行变量对每列变量分类判别的影响强度和解释能力,辅助标志物的筛选。通常以VIP值>1作为筛选标准。

参考文献


[1] Szymanska, E., E. Saccenti, AK. Smilde, and JA. Westerhuis. 2012. “Double-Check: Validation of Diagnostic Statistics for PLS-DA Models in Metabolomics Studies.” Metabolomics 8 (1, 1):3–16.

[2] Chailurkit LO, Paiyabhroma N, Sritara P, et al. Independent and Opposite Associations Between Branched-Chain Amino Acids and Lysophosphatidylcholines With Incident Diabetes in Thais. Metabolites. 2020;10(2):76.


Q1:文件如何上传?

工具数据可上传至我的数据工具数据→personal文件夹。 e8028fc0f3b21d6ac64ceca3150d7afc.png

点击右上方上传文件即可上传本地文件至平台,personal文件夹下也可新建文件夹

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Q2:上传的文件如何删除?

勾选文件/文件夹,点击右上方的文件操作,选择删除文件,文件也可移动或复制。

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Q3:运行工具时选择好上传的文件后,无法进入下一步?

由于显示器分辨率的不同,弹出框展示可能不全,正常展示如下图所示,选择文件后,弹出框右下角为【确定】按钮,您可以按住ctrl键向下滑动鼠标缩小页面至窗口显示完全。49ecd5ebb5f52889a095f4a062816149.png



Q4:云工具的运行结果怎么查找?

我的分析→工具总览可查看所有运行的工具任务。点击【结果】查看分析结果报告,点击【下载文件】可下载结果文件至本地保存。

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