- 帮助文档
- FAQ
工具概述
该工具利用Prodigal软件，对输入的基因组序列进行编码基因预测，从而获得基因组上可能存在的编码基因信息。
操作方法和文件格式
1. 选择上传单个基因组文件时。需要上传单个fasta序列文件：
fasta基因组序列文件首先以“>”开头，接着是序列的名称。换行之后是序列信息，序列中不允许有空格和空行。格式如下：
2. 选择上传多个基因组文件时。需要上传文件夹，文件夹包含了多个基因组fasta序列文件和list文件。list文件为文本格式，表头包含Sample（样本名）和Filename（fasta序列文件名）两列（使用tab键进行分隔），格式如下：
3. 完成序列数据选择后，点击运行即可。
结果解读
编码基因预测结果统计表
该表展示了基因组上编码基因预测的统计结果。
示例结果如下：
注：（1）Sample Name：样本名；（2）Gene No.：预测到的基因数；（3）Gene Total Len（bp）：基因总大小；（4）Gene Average Len（bp）：基因平均大小；（5）GC Content (%)：基因总的GC含量；（6）Gene/Genome (%)：总的基因大小在基因组上的覆盖度。
编码基因预测详情表
点击编码基因预测结果统计表中的Sample Name可展示该样本预测到的所有基因的详细信息。示例结果如下：
注：（1）Gene ID：基因编号；（2）Sample Name：样本名；（3）Location：基因所在基因组位置；（4）Strand：基因位于正义链（+）还是负义链（-）；（5）Start/End：基因的起始/终止位点；（6）Gene Len (bp)：该基因的大小；（7）Initiator Codon：起始密码子；（8）Terminator Codon：终止密码子。
Q1：文件如何上传和删除？
①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中，上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。
②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。
Q2：运行成功的任务在哪里查看结果？
投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果，点击“结果”可查看页面运行结果，点击“文件”可查看结果文件夹，如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。
Q3：云工具任务如何删除？
运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除，删除的文件会在回收站保存30天，期间可随时复原。
