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SRA Explorer

支持输入GSE、SRA、 SRP、 PRJ、 EPR 搜索,获得测序数据fastq和sra格式的下载链接以及样本信息。此工具旨在使序列读取存档中的数据集更易于访问。
文章引用说明:如果您使用美吉生物云工具完成了数据分析,我们期望您在文章发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及美吉生物云工具以及我们发表的文章。
可参考示例:The data were analyzed on the online tool of Majorbio Cloud Platform (https://cloud.majorbio.com/page/tools/)
可参考文献:Han, Jichen. et al. 2024. Majorbio Cloud 2024: Update single-cell and multiomics workflows. iMeta, e217, doi:10.1002/imt2.217
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1.工具概述

支持输入GSESRASRPPRJEPR搜索,获得测序数据fastqsra格式的下载链接以及样本信息。此工具旨在使序列读取存档中的数据集更易于访问。


2.操作方法

①任务名称:对本次小工具运行任务进行命名方便后续任务查找及分析结果查看

②输入Accession输入Accession Number,允许多个同时分析,中间以英文状态的逗号隔开。例如:GCA 000001215.4,GCA 000001405.28,GCA 000001765.3


3.结果解读

结果文件请去结果目录自行下载,结果目录包含一个表格文件,该文件输出信息包含AccessionTitle【登录号】,TotalReads【测序reads数目】,TotalBases【测序数据量】,SubmitDate【提交日期】,UpdateDate【更新日期】,FastqURLFastq链接】,SraURLSra链接】,ScientificName【物种信息】TaxidNCBI编号】,Platform【测序平台】,LibraryName【文库名称】,LibraryStrategy【测序策略】等等。


Q1:文件如何上传和删除?

①通过云工具页面上的选择文件按钮可以上传本地文件到云工具文件夹中,上传成功后可以直接选择目的文件进行分析。

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②可以在项目中心——工具数据——我的云工具文档 文件夹中查看、上传和删除云工具文件。

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Q2:运行成功的任务在哪里查看结果?

投递运行的任务可以在项目中心——我的工具任务 中查看运行状态和结果,点击“结果”可查看页面运行结果,点击“文件”可查看结果文件夹,如果运行失败可以点击“排查”查看报错原因。部分工具没有结果按钮只有文件按钮。

图片4.pngQ3:云工具任务如何删除?

运行失败或不需要的任务可以在项目中心——我的工具任务中勾选后删除,删除的文件会在回收站保存30天,期间可随时复原。

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