VPA分析

工具概述

VPA（Variance partitioning analysis）方差分解分析，用于定量评估两组或多组（2~4组）环境因子变量对响应变量（如微生物群落差异）的单独解释度和共同解释度。

操作方法

1.任务名：设置任务名，便于查询后续的文件结果。

2.数据表：文件应为制表符（tab符）隔开的txt格式。数据表必须包含行头和列头，首行为样本名，首列为物种/OTU/基因/功能等特征名称。样本名和特征名要以字母开头，仅包含数字、字母、下划线。要求样本数≥4。

3.环境因子表：文件应为制表符（tab符）隔开的txt格式。环境因子数据可以是临床、生理、理化性质指标数据。环境因子表必须包含行头和列头。首列为样本名，样本名要与数据表中样本名一致，首行为环境因子名。环境因子名要以字母开头，仅包含数字、字母、下划线。要求环境因子数+2≤样本数。

4.环境因子分组表：文件应为制表符（tab符）隔开的txt格式。环境因子分组表必须包含行头和列头。首列为环境因子名，环境因子名要与环境因子表中的环境因子名称一致，第二列为环境因子分组，环境因子分组必须为2-4组。环境因子分组名要以字母开头，仅包含数字、字母、下划线。

结果解读

1.VPA分析图

注：不同颜色的椭圆代表不同的环境因子分组，椭圆相交部分数值代表环境因子分组对群落差异的共同解释度，椭圆非相交部分数值代表各环境因子分组对群落组成差异的单独解释度；Residuals代表剩余解释度，即不能被上述环境因子解释的群落差异的占比。

2.VPA方差分解分析结果表 

注：Env为环境因子；Group为环境因子分组；adjR2/Radj为矫正的R2值，表示每个环境因子对群落组成单独的解释度。

参考文献

[1] Borcard, D., P. Legendre & P. Drapeau. 1992. Partialling out the spatial component of ecological variation. Ecology 73: 1045–1055.

[2] Peres-Neto PR, Legendre P, Dray S, Borcard D. Variation partitioning of species data matrices: estimation and comparison of fractions. Ecology. 2006 Oct;87(10):2614-25.