Tax4Fun功能预测

工具概述

Tax4Fun以 SILVA数据库的物种注释结果为基础，根据NCBI的基因组注释查询每个物种（OTU）的16S拷贝数并对OTU丰度表进行标准化，结合SILVA分类与KEGG数据库中原核分类间的对应关系，对微生物群落进行功能预测。根据KEGG数据库的信息，可以获得KO和Pathway不同层级的信息。

操作方法

1.任务名：设置任务名，便于查询后续的文件结果。

2.数据表：输入需要进行分析的数据表，文件应为txt格式，如下图。两列数据之间务必用制表符隔开（tab符），不能用空格。最后一列为物种注释信息，不同层级物种要以分号分隔开。

结果解读

输出结果包括以下文件：

1.predictions_ko.L1.xls：KEGG level1丰度表

注：第一列为预测到的KEGG pathway level1水平对应的功能名称，其余各列为KEGG pathway level1水平对应的功能在各样本中的相对丰度值。

2.predictions_ko.L2.xls：KEGG level2丰度表

注：第一列为KEGG pathway level2对应的KEGG pathway level1的功能名称，第二列为预测到KEGG pathway level2水平的功能名称，其余各列为KEGG pathway level2水平对应的功能在各样本中的相对丰度值。

3.predictions_ko.L3.xls：KEGG level3丰度表

注：前两列分别为KEGG pathway level3对应的KEGG pathway level1和level2的功能名称，第三列为预测到KEGG pathway level3水平的功能编号，第4列为其对应的功能描述，其余各列为KEGG pathway level3水平对应的功能在各样本中的相对丰度值。

4.predictions_KO.xls：KEGG KO丰度表。

注：第一列为KO编号，第二列为KO功能描述，其余各列为KO在各分组或样本中的丰度值。

参考文献

[1] K.P. Aßhauer, B. Wemheuer, R. Daniel, P. Meinicke. Tax4Fun: predicting functional profiles from metagenomic 16S rRNA data. Bioinformatics (2015) 31 (17): 2882-2884. doi:10.1093/bioinformatics/btv287.